药物研发加速器:Biacore助力STING抑制剂的发现

8 月 19, 2021

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近年来,全球各大药企,如安进、百时美施贵宝、礼来、默克、诺华、恒瑞等均布局一系列管线产品占有肿瘤免疫市场。从2011年上市的CTLA-4抗体到2014年上市的PD-1抗体,不少靶向免疫检查点的单抗已经成为肿瘤治疗与市场的“重磅炸弹”。

肿瘤免疫领域的靶点纷纷成为诸多药企追踪的“明星靶点”,而STING(干扰素基因刺激蛋白)靶点便是其中之一。全球各大药企均已加入STING赛道。2021年4月,成都先导药物开发股份有限公司开发的注射用HG381的临床试验申请获得国家药品监督管理局批准,临床拟用于治疗晚期实体瘤。根据公开信息显示,HG381是首个在中国自主研发获批开展临床研究的STING激动剂。

图片来源:成都先导官网
固有免疫系统是机体抵抗病原微生物入侵的第一道防线,能激活机体的适应性免疫共同清除入侵的病原体,维持机体的稳态。胞浆DNA 介导的 cGAS-STING 固有免疫信号通路的激活,在机体抵抗 DNA 病毒和逆转录病毒等多种病原体入侵中发挥着重要的作用。

然而越来越多的研究发现,STING 信号通路的异常激活能诱发无菌性炎症疾病包括自身免疫疾病、神经退行性疾病、代谢紊乱疾病和癌症的发生和发展。因此,开发靶向 STING 蛋白的小分子抑制剂或激动剂,具有重要的基础研究意义和潜在的临床应用价值 。

图1 《PNAS》文章标题
近期,权威期刊《美国科学院院报》(PNAS)在线发表了中国药科大学王琛教授团队题为 STING inhibitors target the cyclic dinucleotide binding pocket 的最新科研成果。该团队通过靶向STING蛋白的化合物筛选和生物活性评价发现,小分子SN-011具有强效的靶向STING信号通路的抑制作用,并且特异性强、安全性好,是极具吸引力的先导化合物,可用于开发治疗 STING 驱动的自身免疫和炎症疾病的药物。

在该研究中Biacore同样发挥了重要作用,证明小分子SN-011特异性结合STING蛋白,并且结合在STING蛋白与其内源性配体分子2’3’-cGAMP结合的口袋内,将 STING 二聚体锁定在开放、无活性的构象中,从而起到抑制STING信号通路的作用。

虚拟筛选及生物活性评估

首先,研究人员通过虚拟筛选的方法(in silico docking screening),从含有570,642个化合物的库中获得了11个可能与STING蛋白C端功能域(CTD)结合的化合物,并对其生物活性进行评价,发现4个化合物具有显著的抑制作用,其中SN-001是最具活性的化合物。为了获得更有效的抑制剂,研究人员使用七个 SN-001 类似物(SN-005 至 SN-011)对 SN-001 进行了构效关系 (SAR) 研究,并对其生物活性进行评估。结果显示,SN-011是STING信号通路的强效抑制剂。

小分子结合活性表征与关键氨基酸验证

那么,SN-011是否直接与STING蛋白互作?结合在STING蛋白上的关键氨基酸位点又是哪个呢?

研究人员使用Biacore T200,将STING的C端功能域(CTD)固定在CM5芯片上,化合物SN-011作为流动相流经芯片表面,检测其亲和力KD。结果显示,化合物SN-011与STING蛋白的C端功能域(CTD)结合,并且亲和力为4.03 nM,高于天然配体2’3’-cGAMP与STING蛋白的亲和力(KD = 9.23 nM)。而阴性对照SN-100不与STING蛋白的C端功能域(CTD)结合。通过结构分析发现,STING 二聚体界面中的Ser243是SN-011的重要结合位点,将STING蛋白第243位的Ser突变为Ala后STING(S243A),化合物SN-011与STING(S243A)结合明显变弱(KD = 176 nM),表明S243是化合物SN-011结合的关键氨基酸位点。

图2 Biacore实验证明,化合物SN-011与STING蛋白直接结合

疾病模型中功能验证

为进一步证明化合物SN-011的功能,研究人员在STING相关疾病的细胞模型和动物模型中,证明SN-011对于STING相关疾病的潜在疗效。婴儿期发生的 STING 相关的血管样病变 (STING-associated vasculopathy with onset in infancy, SAVI)是由于编码 STING 蛋白的基因 TMEM173突变导致STING蛋白异常激活引起的罕见自身免疫疾病。在过表达STING相关的突变体的细胞内,SN-011能显著抑制下游过度激活的免疫和炎症细胞因子。在Aicardi-Goutieres syndrome的小鼠疾病模型(Trex1-/-)中,SN-011能显著改善小鼠多组织器官的免疫损伤,且延长疾病小鼠的生存时间。

细胞毒性与特异性检测

至此,科研人员发现了STING 特异性拮抗剂 SN-011作为一种有吸引力的先导化合物,可用于开发治疗 STING 驱动的自身免疫和炎症疾病的药物,为治疗STING 介导的临床疾病铺平了道路。
回顾整篇文章(图3),研究人员在通过虚拟筛选的方法(in silico docking screening),从含有570,642个化合物的库中获得了11个可能与STING蛋白C端功能域(CTD)结合的化合物。

通过RT-PCR、Western blots和Confocal,并对其生物活性进行评价,发现4个化合物(SN-001到SN-004)具有显著的抑制作用,其中SN-001是最具活性的化合物。使用Ni2+-NTA和Superdex 200进行STING蛋白纯化,进一步使用Biacore T200表征了SN-011与STING蛋白的结合亲和力。

通过结构分析发现,STING 二聚体界面中的Ser243是SN-011的重要结合位点,并通过Biacore T200得以证明。

通过检测小分子SN-011在STING相关疾病的细胞模型和动物模型中的作用,以及细胞毒性和特异性检测,证明SN-011可用于开发治疗 STING 驱动的自身免疫和炎症疾病的药物。

图3 文章整体思路回顾
该研究中,对于蛋白STING与小分子SN-011的相互作用检测,难点在于:小分子SN-011与STING蛋白结合产生的信号只有几个RU(RMS),这已经到达了其他检测技术的灵敏度极限,因此其他检测方法基本束手无策。而Biacore T200具有高达pg级别的超高灵敏度0.03 RU (RMS),高于同类技术2个数量级以上,能够对于小分子的检测无分子量下限,从而确保了低信号的结合也能精确检测。

自 1990 年上市至今,Biacore作为唯一被中美日等多国药典收录的分子互作检测“金标准”,已广泛应用到基础科研与药物开发的多个领域。截至目前,借助 Biacore 累计发表的文章已突破 55,000 篇,超过 80% 的已上市的抗体药物的研发、申报、生产过程中也均有 Biacore 的身影。相信有了Biacore助力“产学研”,未来一定会有越来越多的中和抗体药物从研发走向上市。