数据分析

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常见问题

数据分析

1. 异常图像分析

传感图倒置是什么原因,如何处理?

出现这种情况的影响因素分不同类型,需要逐一排查,首先可以确认必然是参比的信号高了导致的。什么导致它高了?

  1. 最基础的,设置程序或偶联时是否选错通道,尤其捕获法时。
  2. 看流动相样品是否有高折光物质比如甘油、蔗糖、咪唑(置换buffer)。
  3. 看看流动相样品本身存在缓冲体系是不是跟实验用buffer差异大(置换buffer)。
  4. 看看是不是流动相样品粘稠或者浓度太高。
  5. 如果是涉及到有机溶剂那要看有没有做溶剂校正。
  6. 非特异结合(提高盐离子浓度,换buffer,分析物配体对调后实验)。

请问,在跑小分子,浓度都提高几百微摩尔级别,但是拟合曲线还是呈线性,算不出KD值,这是怎么回事?是否有非特异性结合?

想查看是否有非特异性结合,请点击分析软件中左侧一列的Bingding to reference,看看是否出现明显的随浓度而增加的信号上升。

分析结果显示,Binding to reference出现有规律的上升,这是什么现象?什么原因造成的。

想查看是否有非特异性结合,请点击分析软件中左侧一列的Bingding to reference,看看是否出现明显的随浓度而增加的信号上升。

  1. 如图所示,很明显,随着浓度的升高,Binding to reference的数值也随之上升,这是非特异结合的表现。
  2. 造成的原因可能是,分析物与通道结合,蛋白聚集等。

参比通道非特异结合强,如何处理?

  1. 一般建议对活化后再封闭参比通道
  2. 其他降非特异结合的方式,尝试调整buffer条件,pH,盐浓度,去垢剂浓度等
  3. 使用NSB reducer
  4. 偶联伪装配体(例如BSA)

在分析数据时,发现有曲线大幅度波动,这是什么原因造成的?

想查看是否有非特异性结合,请点击分析软件中左侧一列的Bingding to reference,看看是否出现明显的随浓度而增加的信号上升。

  1. 从图中,我们可以看出,曲线有上万RU的起伏,最大可能是气泡造成的效应
  2. 样品进样前,可以把样品离心一下,Buffer要脱气

分析结果中的图像出现向上漂移现象,原因是什么?

分析结果中的图像出现向上漂移现象,原因是什么

关注零浓度情况(Biacore Insight软件关注Blank情况),该图像往往是由于零浓度信号不正常造成的。

  1. 小分子实验:高偶联情况下(CM5>10000RU),在偶联完成后可以放置一段时间平稳后再进行实验
  2. 捕获实验:标签结合情况一般的情况下,会导致配体亲和效果不佳;可选择更优的捕获分子或使用商业化捕获试剂盒,进行配体捕获。
  3. 高亲和实验:高亲和力、慢解离实验中,不适合使用捕获方法,推荐使用直接偶联方法进行实验。
  4. 没有其他问题情况下,建议在设置浓度梯度时,多设置几个零,最终分析结果时,挑选无误的那个零做扣除。

2. 小分子-蛋白互作

直接偶联法种提高蛋白偶联量的方式?

  1. 正式偶联前进行pH scouting的实验
  2. 确认蛋白等电点是否为酸性蛋白
  3. 确认蛋白纯度后,可提高配体蛋白进样浓度,延长配体蛋白进样时间
  4. 确认该蛋白是否氨基过少
  5. 是否活化不充分
    • 活化峰在4500-5500RU左右
    • 火花前后的信号差异200RU左右
  6. 芯片改用CM7

预富集效果良好,但实际偶联量极低,什么原因,如何改善?

  1. 可能活化剂失活
  2. 可能蛋白的精氨酸含量低,转化率低(若是该原因解决办法:可以改成捕获法)

其中5个浓度都正常,但最高浓度突然响应值很高,为什么?

小分子样品高浓度下,样品会有聚集,产生异常高信号

偶联了一个二聚体蛋白到CM7芯片,偶联量17000RU,基线一直不平而且上升是什么原因呢?

有聚集。偶联浓度不要太高,Running buffer中要有EDTA

用NTA chip研究药物和蛋白的反应 ,药物溶液里有DMSO,做了多次,图形里面一直有这个Peak,怎么才能去掉Peak?

该Peak是由于DMSO等有机溶剂的折光导致,药物溶液中有DMSO时,样品和buffer要采用相同浓度的dmso,并对其进行溶剂校正,得到真实结果。

溶液切换时,折光差异变化较大,如图(小分子;CM7;PBS buffer),为什么?

溶液切换时,折光差异变化较大,如图(小分子;CM7;PBS buffer)

  1. 原因:最高浓度的样品稀释的倍数小了,导致buffer 和样品的折光差异大,信号有差异
  2. 调整:最高浓度的样品增加稀释的倍数;提高流速;避免跨通道扣减

Biacore跑出来的曲线出现了不规则的形状,无论在结合段还是解离段,什么原因造成的,如何处理?

建议先查看分析物溶解度,优化分析物溶解度,然后再跑一次,看看是否还是出现这种现象。

如图所示,出现不规则图像如何调整?

1. 先看是否存在非特异性,binding to reference如下图平稳则无。

2. 再看buffer是不是有比较特殊的成分存在。

3. 蛋白-蛋白互作

物质迁移的定义是什么?如何避免?

  1. 物质迁移效应是指分析物分子受到扩散速率的限制,从溶液本体向芯片表面供应不足,造成分析物浓度递减的现象。
  2. 如图所示,很明显在结合段,特别是高浓度结合段,结合曲线都是直接以直线形式上升的,并没有出现典型的高浓度弯曲,这就是典型的物质迁移效应。
  3. 解决的方法有:
    • 降低偶联量(做大分子互做时,Rmax要控制在50RU以内;在做小分子互做时,Rmax要控制在100RU以内)
    • 提高分析物的流速(大于等于30ul/min)。

抗原抗体动力学检测,拟合效果不好,但是所有的QC都很好,请问如何优化调整?

  1. 该结果已经足够说明互作,并且结果是可靠的。
  2. 如果需要进一步提升拟合结果的质量,建议如下:可将RI 改成Fit local进行拟合即可。

4. 捕获法

捕获之后响应值一直在掉,该怎么处理?

  1. wait基线变平,等capture level稳定后再进sample。
  2. 降低捕获量。
  3. 进行高浓度、短时间的捕获。

使用Biacore 8K时,捕获抗体走抗原,发现曲线没有明显饱和,而且分析的结果也超出仪器范围之外,请问怎么调整?

从图像上可以看出来没有饱和迹象,请降低捕获量,延长解离时间。

5. 筛选实验

用捕获法进行动力学的koff ranking(一般只看kd)的时候,我们capture已知浓度和分子量的抗体,然后走抗原分析物,这个时候除了kd比较准确外,同时看ka和KD准确吗?

抗体单浓度筛选时,一般都是基于kd进行排序。但仪器也会生成KD与ka,在kd接近时,也具有参考价值,也可以从KD的角度去做区分并进行Ranking。

6. 单循环动力学

在做单循环动力学的时候,最后一个浓度出现了曲线波动,请问这是什么原因造成的?

  1. 请检查以下事项最后一个样品的加样量够不够,
  2. 这个高浓度的样品有没有发生沉淀。