龙腾盛世，瑞气盈门！愿新的一年里，大家都能如龙般翱翔，展翅高飞，收获满满！

• 将蠕动泵的卡扣扣上后，开启仪器电源开关与控制软件，等待控制软件与仪器连接。
• 所有用于Biacore系统的Running Buffer或稀释母液用水，须先以0.22 µm的滤膜过滤，或取自0.2 µm滤芯的纯水仪。
• 放入维护芯片，运行维护程序：
  • Desorb使用维护试剂盒中的desorb1和desorb2溶液
  • Desorb and Sanitize使用维护试剂盒中的desorb1和desorb2溶液，并自行配置1%有效氯浓度的次氯酸钠溶液
• 换上实验运行缓冲液，Prime后即可正常使用

周三早上十点，工程师小荣正在赶往火车站的路上，手机突然响起。

病毒颗粒做固定相

病毒颗粒做流动相

Biacore Insight software内置的抗原表位分析 (Epitope binning) 模块包含：

图1：抗原表位分析的实验方法示意图a夹心法、b预混法、c串联法

夹心法表位分析的第一步是通过直接偶联或捕获的方法固定A抗体，然后依次结合抗原和B抗体。要注意的是，若使用捕获法，需要避免捕获分子与B抗体的结合。夹心法通常是第一选择，但对于多价抗原则需要单独的封闭步骤，及考虑A抗体与抗原的解离快慢。使用Dual injection，可以连续地进样抗原和B抗体，最大程度减少抗原与A抗体的解离，保证实验结果的可靠性。

图2：夹心法Dual injection的典型传感图

在夹心法检测结果（图2）中，抗原首先结合在A抗体上。若B抗体与A抗体结合在抗原不同表位上，则B抗体仍能结合芯片上的抗原，表现为蓝色曲线；若B抗体与A抗体结合抗原同一表位，B抗体将不能结合在抗原上，表现为红色曲线。通过调换A B抗体的顺序，可以检测二者是否双向竞争，给出准确的表位分组。

图3：预混法的典型传感图

图4：串联法的典型传感图

在夹心法和串联法中，也可以同时在第二步进有A抗体背景的B抗体（二者的混合物）3来规避掉A抗体与抗原的解离。

图5：抗原表位分析结果-Heat map及Bin chart

• Heat map中，Y代表第一个进样的抗体，X代表第二个进样的抗体。红色填充的方格代表二者互相阻断与抗原的结合，白色填充代表二者互不影响对方与抗原的结合，黄色填充则代表不确定。点击方框即可查看该组试验传感图以进一步分析，并可在传感图上调出boundary line来调整上限和下限。若A抗体可阻断B抗体与抗原的结合，但B抗体不能阻断A抗体，则在方格中显示箭头标记。黑色线框代表同一抗体。
• Bin chart将结合同一表位的抗体分为一组，同表位组的抗体显示在同一个颜色的扇形中，部分重叠的表位组相邻排列，形成簇，独立的表位组间由空白间隔区分。组之间的虚线表示不确定的竞争，箭头表示单向或双向竞争。Bin chart提供直观、丰富的抗原表位信息，有利于针对性的抗体开发。

Biacore基于法规认可、药典收录的SPR技术，助推了各类型药物的申报和上市。2022年FDA批准的抗体药物中，超过80%均使用了Biacore数据做审批。Biacore完善的药物开发全流程检测，一台设备即可完成药物开发中的所有互作检测。全自动、高通量保证检测速度，无标记、高灵敏保证数据质量，未来 Biacore定将助推更多药物上市，推动全人类健康事业。

DNA错配修复是一种高度保守的生物学途径，用于检测和去除复制过程中引入的DNA错配，维持基因组稳定性。DNA错配修复复合物形成主要有三个阶段（见图2中步骤1/2/4）：

• 首先MutS与DNA中错配位置结合。
• 随后MutS募集MutL。
• 最后MutL招募UvrD结合，从而进行DNA修复。为验证DNA错配修复复合物形成的过程，我们可以采用Poly进样模式，完美还原了组装顺序。

该新冠相关蛋白复合物由新冠病毒刺突蛋白受体结合域 (RBD) 、RBD受体 (ACE2) 、结合RBD的抗体CR3022 (α- RBD) 、抗人抗体 (α-Human) 组成。那么该复合物中各组分结合依赖性如何呢？首先，将RBD固定在S系列CM5芯片上。紧接着，Cycle 1：使用Poly命令顺序进样α-RBD (10 nM) 、ACE2 (750 nM) 和α-Human (10 nM) 。Cycle 2-4：每个循环中，一个组分用Buffer代替（图4）。

参考文献：

Cynthia S, Alexander F, Elin S, Linnea N, et al.Visualize your research – SPR for protein complex formation studies. 官方材料链接KZCx_Xxvx0-OzoZ3bfpzpg-pdf (cytivalifesciences.com)

Fernandez-Leiro R, Bhairosing-Kok D, Kunetsky V, et al. The selection process of licensing a DNA mismatch for repair. Nat Struct Mol Biol. 2021;28(4):373-381. doi:10.1038/s41594-021-00577-7

Yuan M, Wu NC, Zhu X, et al. A highly conserved cryptic epitope in the receptor binding domains of SARS-CoV-2 and SARS-CoV. Science. 2020;368(6491):630-633. doi:10.1126/science.abb7269

某周一早上

手机传来信息提示音：滴~滴~滴~

01. 定性实验-竞争抑制

2021年，吕奔教授研究团队在Immunity杂志上发表文章，针对前序研究中发现的HMGB1-LPS-caspase-11途径，筛选出肝素 (Heparin) 能高效并选择性地抑制Caspase-11活化，并阐明了肝素在脓毒症中能通过抑制Caspase-11的活化防止脏器损伤、DIC发生和死亡的机制。

观察图1的动力学表征数据可知，肝素与HMGB1有较强结合，Kd=5.59*10^-6 M。同时，通过多浓度梯度进样的实验设计，可以看出LPS+Heparin实验组相较LPS对照组，与包被有HMGB1蛋白的芯片的响应值 (Response, RU) 显著降低，即可看出Heparin可以抑制LPS与HMGB1的识别/结合。

图1：肝素可抑制HMGB1与LPS结合^[1]

北京大学王月丹与初明教授团队围绕着新冠病毒的防治工作筛选到了一种天然产物Tuftsin，相关成果也于2022年发表在Frontiers in Molecular Biosciences杂志上。Tuftsin是机体脾脏产生的一段生理活性肽，其基本功能是刺激巨噬细胞和粒细胞，提高促吞噬的能力；可以通过增强效应细胞的细胞毒功能杀伤肿瘤细胞等，在抗感染方面具有不可替代的作用。

通过多轮的化药库筛选、分子对接等实验，课题组筛选到Tuftsin分子。随后，使用Biacore体外验证了其与ACE2分子及抑制的效应分子NRP1的亲和力，结果表明Tuftsin能特异性识别并结合ACE2分子。

此外，研究人员通过多浓度梯度进样的实验设计，将S1蛋白固定在CM5芯片上，设置ACE2 (5 nM) 对照组及Tuftsin+ACE2（ACE2为固定浓度，5 nM; Tuftsin设置9/156/625 nM）实验组；结果表明，Tuftsin浓度越高，结合响应值 (Response, RU) 越低，即证明Tuftsin可有效阻断/抑制S1与ACE2的识别与结合。

图2：Tuftsin可抑制S1与ACE2结合^[2]

图3：Berberine/ Argatroban与Thrombin的结合^[3]

同时，研究人员利用Biacore特有的A-B-A进样设计竞争实验，证明Berberine与Argatroban结合在Thrombin相同的位点上。A-B-A的进样方式简化了竞争实验的设置，允许两种不同的溶液按照溶液A/溶液B/溶液A的顺序在同一个循环内进样，由于竞争样品无需再溶解在运行缓冲液里，大大减少了竞争样品的消耗量，非常适用于药物的竞争分析（图4）。

图4：ABA进样设置Berberine和Argatroban的竞争实验

从图5的实验结果中可以看到：Berberine不存在时，Argatroban与Thrombin有明显的结合信号（图5，red line）；而在300 μM Berberine存在的情况下（A-B-A样品设置参照图4），Argatroban与Thrombin的结合响应值明显降低（图5，blue line）。证明Berberine在Thrombin上的结合位点与Argatroban是一样的。综合后续的血小板凝集实验，这一研究说明Berberine是潜在的安全有效的凝血酶抑制药物。

图5：Berberine和Argatroban竞争实验结果^[3]

02. 定量实验-竞争抑制

为测得SHK抑制NEMO/IKKβ复合物的IC₅₀，课题组做了相关实验：把MBP-IKKβ蛋白固定在CM5芯片上，再将GST-NEMO+SHK（GST-NEMO为固定浓度，1 μM; SHK设置0~3125 nM）的预混液以多浓度梯度进样的形式流过芯片表面，进行结合信号的采集，拟合作图，测出IC₅₀。

同时，课题组考虑到实验的严谨性，将GST-NEMO作为固定相进行了实验重复。课题组使用Biacore测得了紫草素抑制NEMO/IKKβ复合物的IC₅₀为174 nM，证明其可在体内外抑制NF-κB通路，从而减缓结直肠癌细胞的增殖，为开发有效的小分子PPI抑制剂提供一些新的思路。

伦斯勒理工学院、中国农业大学等单位围绕着绿茶中的抗氧化剂EGCG展开了丰富的研究，并于2021在NATURE COMMUNICATIONS杂志上发表相关成果。文章中阐释EGCG可与p53分子结合并阻断p53与MDM2分子（E3泛素连接酶）的结合，从而抑制MDM2对p53的泛素化、稳定了p53的抗肿瘤活性。

课题组首先使用Biacore测定了EGCG与全长p53、NTD-p53的亲和力，探明了EGCG与p53的识别作用靶点位于p53分子的N末端。同时，课题组将MDM2分子固定在CM5芯片上，探究了MDM2分子与p53的亲和力KD=0.6±0.1 μM。接着使用同一张芯片展开了IC₅₀测试：将p53+EGCG（p53为固定浓度，250 nM; EGCG设置0~500 nM）的预混液以多浓度梯度进样的形式流过芯片表面，进行结合信号的采集，拟合作图，测出IC₅₀=0.2 μM。

图6：EGCG可抑制MDM2与P53的识别与结合^[5]

参考文献：

1. 将蠕动泵的卡扣扣上后，开启仪器电源开关与控制软件，等待控制软件与仪器连接。
2. 所有用于 Biacore 系统的Running Buffer或稀释母液用水，须先以 0.22 µm 的滤膜过滤，或取自0.2 µm滤芯的纯水仪。
3. 放入维护芯片，运行维护程序。
   • Desorb使用维护试剂盒中的desorb1和desorb2溶液
   • Desorb and Sanitize使用维护试剂盒中的desorb1和desorb2溶液，并自行配置1%有效氯浓度的次氯酸钠溶液
4. 换上实验运行缓冲液，Prime后即可正常使用。