盘点!分子互作“金标准” Biacore在CNS文章中的使用(下)

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在上期CNS顶刊与Biacore的药物开发研究中,Biacore team为大家介绍了超强可逆结合的小分子药物(亲和力61 pM),共价结合的放射性药物,“中医药献给世界的一份礼物”——青蒿素、蛋白质设计、PROTAC/分子胶水(四组分同时检测)等内容。

本期,我们来关注“大象无形”的基础科研部分,包括人类进化、遗传机制、病毒、植物免疫、结构生物学等领域。

✦ 进化篇 ✦

▶ 古老基因对现代人类免疫系统的持久影响分析
11月,墨尔本大学等单位在Cell上发表的研究成果揭示了古老人类基因KIR3DL1114对大洋洲原住民免疫系统的影响,该基因与高频率的HLA-A24:02配对,可能导致他们更容易受到流感等疾病的侵害1。

文章使用Biacore检测HLA分子与不同基因序列的识别、结合情况,为理解不同人群对疾病易感性的差异提供了新的见解。

图1:Biacore检测不同基因序列与对应HLA分子之间的

图1:Biacore检测不同基因序列与对应HLA分子之间的相互作用

▶ 脊椎动物的进化之旅与某RNA原件有关

2月,基因技术公司系等单位,在Cell上发表的研究成果中,发现了一种名为RetroMyelin的逆转录病毒RNA元件,它在所有有颌的脊椎动物中控制着髓鞘的形成,从而对脊椎动物进化产生了重要影响2

RetroMyelin通过与转录因子SOX10相结合(使用Biacore完成了该实验),调节髓鞘主要成分Mbp的表达,进而影响髓鞘的形成。

研究还发现,RetroMyelin的获得很可能是在物种分化后独立发生的,这表明逆转录病毒的整合与脊椎动物髓鞘的形成存在密切关联。

图2:Biacore检测RetroMyelin原件与转录因子SOX10的互作结果

图2:Biacore检测RetroMyelin原件与转录因子SOX10的互作结果

✦ 分子机制篇 ✦
▶ ER应激期间线粒体蛋白翻译的“避风港”:PERK-ATAD3A

8月,剑桥大学在Science上发表的研究论文,证明在ER应激期间,线粒体蛋白ATAD3A与PERK结合,并竞争性抑制PERK对eIF2a的磷酸化,从而减弱PERK信号通路并保护线粒体翻译,进而缓解ER应激引起的翻译抑制对线粒体的影响,揭示了ER应激期间翻译效率的细胞器特异性差异3

文中使用Biacore检测ATAD3A与PERK近端环区域的结合。

图3:Biacore检测ATAD3A与PERK的相互作用

图3:Biacore检测ATAD3A与PERK的相互作用

▶ 大脑独特的左右差异背后的遗传机制

5月,英国伦敦大学学院等单位在Science上发表的研究论文,揭示了Cachd1蛋白在调控斑马鱼脑部神经元不对称性中的重要作用4

研究中用Biacore测定了小鼠CACHD1ECD与FZD受体和LRP6共受体的结合亲和力,结果表明CACHD1可以与Wnt信号通路的两个关键受体FZD和LRP6结合,并可能通过竞争性结合的方式影响Wnt信号通路的活动。

图4:Biacore测定CACHD1与FZD和LRP6受体的结合

图4:Biacore测定CACHD1与FZD和LRP6受体的结合

✦ 植物免疫篇 ✦
▶ 水稻刹车机制调控免疫反应

5月,中国科学院分子植物科学卓越创新中心在Nature上发表的论文中报导了水稻中的U-box泛素E3连接酶OsCIE1作为刹车分子抑制OsCERK15。在无病原菌侵染的时期,OsCIE1泛素化OsCERK1,降低其激酶活性。

当水稻面临病原真菌入侵时,真菌细胞壁上的长链几丁质迅速诱导OsCERK1的激酶活性,激活的OsCERK1磷酸化OsCIE1并阻断其E3连接酶活性,从而释放刹车并促进免疫反应。

文章使用Biacore检测OsCIE1 U-box域与OsUBC8之间的结合亲和力,结果表明,Asp的Ser237磷酸化模拟突变显著降低了 U-box 与 OsUBC8 之间的亲和力。

图5:OsUBC8与野生型和S237D突变体U-Box的结合能力变化

图5:OsUBC8与野生型和S237D突变体U-Box的结合能力变化

✦ 细菌-噬菌体反免疫机制 ✦

10月,北京化工大学等单位在Nature上发表的研究成果中,报导了噬菌体编码的抗细菌Thoeris系统的“海绵蛋白”Tad1和Tad2均为具有两种不同的结合口袋的“超级海绵蛋白”,能够同时吸附抑制CBASS系统或III型CRISPR-Cas系统的环状寡核苷酸信号分子,从而逃逸细菌免疫6

文章使用Biacore检测HgmTad2与环状二核苷酸的结合,结果显示cGG与HgmTad2的结合KD值高达24.2 pM,这解释了为什么HgmTad2在大肠杆菌中表达时能够稳定结合内源性的cGG。

图6:不同CDN分子与HgmTad2亲和力结合对比

图6:不同CDN分子与HgmTad2亲和力结合对比

✦ 病毒篇 ✦
▶ 中国科学家团队首次揭示乙肝病毒表面抗原结构

9月,上海科技大学/清华大学/南开大学/中国科学院以及中国食品药品检定研究院等单位在Science上发表了题为“Inherent symmetry and flexibility in hepatitis B virus subviral particles”的研究论文,研究了乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)的结构和组装机制,表征了乙肝表面蛋白及其自组装体表现出的高度结构柔性,揭示了其在病毒粒子表面形成多样寡聚形态的分子基础7

文中使用Biacore检测了抗体与HBsAg的结合(图7)。

图7:SPR检测三种抗体与HBsAg的结合

图7:SPR检测三种抗体与HBsAg的结合

▶ 新冠变体JN.1的免疫逃逸

11月北京大学研究团队在Nature在线发表的研究成果中,报道了JN.1谱系中的KP.3具有强大的免疫逃逸能力和受体结合能力8

源自IGHV3-53/3-66的1类中和抗体(NAbs)对JN.1的野生型反应性具有重要贡献。然而,KP.2和KP.3能够逃逸这些抗体中的大部分,甚至包括由JN.1诱导的抗体,这些都表明了开发疫苗加强针的重要性。

文章采用Biacore及Protein A芯片检测不同病毒RBD及ACE2蛋白之间的亲和力,发现JN.1中的L455S突变减弱了BA.2.86 RBD的高亲和力,F456L和R346T + F456L对JN.1的hACE2结合亲和力影响不大,而KP.3的Q493E突变在JN.1 + F456L的基础上显著提高了受体结合亲和力。

图1:使用Biacore检测REGN5381:NPR1:ANP三元复合物的结合

图8:不同新冠病毒RBD与受体蛋白的亲和力强弱

▶ 禽流感病毒的单个突变增加感染人的风险

12月,斯克里普斯研究所在Science上发表了的研究成果中,表明感染美国奶牛的H5N1“禽流感”病毒中的一个突变可能会增强这种病毒附着在人类细胞上的能力,并揭示了这种受体特异性改变的分子基础9

文中使用Biacore测定了大量的病毒或其突变体H5 HA与禽类或人类受体的亲和力,以及受体与唾液糖苷的结合。

结果表明,Q226L突变可以完全改变H5 HA的受体结合特异性,使其从禽类受体转变为人类受体,一些其他突变体可以进一步增强H5 HA与人类受体的结合亲和力(图9)。

图9:比较不同HA突变体与禽类/人类受体亲和力的差异
2024年CNS “金字塔尖”& Biacore“金标准”的发表成果中,囊括了生命进化、分子机制、药物开发、疫苗设计、新疗法发现等多种应用,如需获取更多信息,欢迎联系您身边的Biacore产品团队!

从“无用之问”的生命进化,到“上帝之手”的药物设计,CNS文章汇集了各个领域顶尖学者的智慧,见证着科技进步的一次次里程碑。

Biacore在此致敬每一份实验室长明的灯:此时的你我,或许正与某个改写时代的分子,共享同一秒的时空。

诊断原料替代,想说“I do”口难开

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诊断原料替代,想说“I do”口难开

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体外诊断市场现状及原料企业的挑战

中国体外诊断市场规模从2015年约427.5亿元增长至2019年约805.7亿元,年化复合增长率达到17.2%。体外诊断市场的快速增长,带来了上游核心原料需求的快速增长。目前,体外诊断试剂核心原料外采占比依然较大,国产替代空间广阔。其中分子诊断酶和单抗产品是两项最大产品,也是目前国内生物原料企业必争之地。

图1:2016~2021年全球各地区IVD市场预计复合年均增长率 (%)

原料企业想要不断地扩大市场份额不是一件容易的事。很多细分赛道如生化、免疫已是发展多年的成熟市场,因此,对原料企业,特别是众多后来入场的国产原料企业而言,相当多的业务“机会”需要试剂厂家进行原料替换才能变现。

然而,IVD试剂厂家任何一个投产项目都经历了严谨而耗时的开发流程,包括原料筛选、配方开发、临床验证或试验、注册检、试生产和放大生产等,从立项到上市,整个时间跨度以年计。若进行原料替换,试剂厂家基本上相当于重走一遍开发流程,时间和人力成本甚巨;此外,原料替换对试剂品质的未知风险使得决策人承担巨大压力而不敢轻举妄动。 事实上,试剂厂家替换原料往往是客观情势下的被迫之举,不得不换。所以,原料企业要想取代试剂厂家的原有供应商,大多数情况下仰仗于竞争对手犯错,或者重大突发事件的助力。

原料企业的机会点

产品性能绝对是试剂厂家进行原料替换的最大动力。 抗原、抗体以及高品质的免疫干扰阻断剂等是免疫检测的核心关键原料,对产品的功能实现和性能具有决定性作用。因此,抗原、抗体性能与质量的优劣以及对常见免疫反应干扰的消除对诊断试剂的灵敏度、特异性等指标,乃至诊断试剂的整体性能与质量优劣有很大影响。在免疫检测领域,确保产品检测结果可靠、稳定及一致性是获得市场成功及良好声誉的关键。

1、原料筛选

对于体外诊断试剂的品质来说影响因素颇多,其中非常关键的一项就是原料的筛选。在选择了你的检测目标后,或者在寻求改善现有检测的性能时,非常值得花时间和精力做好原料的筛选工作。随着行业的发展与发现技术的进步,库容越来越大,所筛抗体亲和力越来越高, IVD企业急需自动化程度高、通量高、筛选速度快、灵敏度高、检测范围宽、成本低的筛选设备。Biacore 8K/8K+作为高通量高质量的互作检测设备,可同时放置1,536或4,608个样品,实现超过60或72小时无人值守,每小时筛选数百个样品,并且每个样品的筛选成本不到1块钱。

作为筛选的标准,表达量的高低决定了后续生产难度,动力学数据在原料抗体筛选中也十分关键,因为原料抗体与抗原的结合速率决定了检测信号出现的速度,而解离速率则决定了检测信号持续的时间长短。在靶点滞留时间越长的抗体越能耐受缓冲液冲洗,从而获得的诊断试剂信号持续时间越久,并且具有更高的灵敏度和稳定性。Biacore在筛选阶段能无需纯化,直接检测表达上清,同时提供动力学/亲和力和浓度测定的结果,做到浓度测定与亲和力/动力学检测二合一,相比 ELISA等其他技术,Biacore只需要一次实验即可得到三个维度的数据,极大地提高了检测效率,同时还可有效降低实验成本和时间成本。

图2:初始筛选剔除非生产性克隆,并鉴定出具有所需特异性及亲和力的抗体

2、活性/效价/亲和力

是反应抗体与抗原之间反应性的直接指标,现阶段大多数抗体供应商对于效价的检测是在ELISA平台上通过重组或者天然抗原对抗体进行测试,通过信号值对抗体的活性进行考察。传统方法提供的信息有限,不论是自主研发筛选或外部获得的原料抗体,都需要进一步进行亲和力/动力学检测,多维度评估,选出与研发目的高度匹配的原料抗体,即识别更快、解离更慢、亲和力更强。Biacore宽泛的亲和力/动力学检测范围与更高的分辨率,能够快速精确地帮助研发人员优中选优,强中选强。

图3:在单个图中可视化动力学和亲和力,以便更明智地选择抗体

3、特异性/结合位点

特异性指抗体单一性识别某种特定抗原的能力。该指标虽然不直接影响试剂整体反应性,但是却对于检测结果有着很重要的影响。外周循环中除了待测标志物之外,还存在许多其他分子。这些分子可能和待测物具有类似的结构或构象;当抗体所识别的线性表位的氨基酸序列或者构象表位的结构域存在于其他分子中时,便会导致测试结果的假阳性或者假阴性。这既是抗体特异性差所导致的结果,也可以理解为抗体识别的抗原表位不够专一所致。因此,抗体的识别位点是决定抗原特异性的关键性因素。Biacore 8K/8K+及最新款Biacore 1系列设备软件内置epitope binning实验与分析模块,能够更快、更好地展现配对分析的结果,助力原料抗体配对成功,鉴定抗体识别位点。

图4:软件自动可视化表位多样性的特征——叠加传感器图、热图和饼图

4、重复性/批间差

重复性是保证体外诊断试剂降低批间差异并且稳定生产的前提条件。另外,重复性和生产工艺密切挂钩,因此也是体现抗体质量的关键指标。Biacore出色的检测性能和数据重复性,满足了质量控制对数据可靠性的要求,可以建立抗体原料的全面质控标准,如活性浓度测定、批次间活性检测(亲和力/动力学)以及环境条件的影响等。

图5:根据亲和力及传感图重复性,评价批间相似度

5、稳定性

在特定的储存条件下,一定时间内抗体是否能保持其活性也很重要。常见对于原料稳定性的影响因素有温度及PH。目前大多数体外诊断生产公司倾向于使用37℃的加速破坏试验以模拟抗体的长期稳定性。其原理主要基于阿伦尼乌斯的经验公式推理而得,但是实际上加速稳定性并不能体现抗体的真实稳定性,试剂的使用场景决定了原料需要在不同的温度条件下表现依然稳定。Biacore不仅可以检测压力测试后的样品活性,其具有独立的控温系统,可在4-40℃的温控范围内进行亲和力检测,帮助更好地评估原料真实的性能。

图6:压力测试后检测抗体结合能力的变化

6、缓冲液体系

缓冲液“设置了环境”,在免疫诊断试剂中为结合提供合适的条件很重要。不仅要尝试不同的缓冲溶液,还要尝试这些溶液的不同浓度。即使是一个很小的浓度差异也能使检测成功或失败。在开发早期对不同缓冲液对抗体的亲和力影响进行评估,能够有效降低开发后期的风险。通过Biacore独有的A-B-A功能单次可以在保持连续流的基础上快速、便捷地检测高达4,608种不同缓冲液成分对抗体与抗原(待检测物)的影响,找到最合适的缓冲体系。

图7:使用ABA模式筛选不同离子强度对结合的影响(分析物分子量较低,响应值低,有部分噪音)

总 结

随着行业的发展,试剂厂家主动进行原料替换的情形或案例越来越多。比如企业自身实力快速壮大,未雨绸缪,降低单一品牌原料依赖性,逐步切换供应商。再比如,越来越多的试剂厂家,通过收购原料供应商,或者自建原料开发平台,以期一劳永逸解决潜在“卡脖子”风险。

面对机遇,原料企业需要足够的战略定力,精益求精、打磨产品品质。如果开发出的原料品种,相比市面上的竞品有显著性能上的优势乃至形成代差,例如抗体的灵敏度有数量级的提升,或者酶的活性及稳定性成倍的增强,无疑将大大增加试剂厂家进行原料替换的动力。

如何能在高手如云的原料企业中占得先机,一个稳定、高效、精准的检测利器必不可少。Biacore作为中美日等多国药典收录的互作检测技术,其使用贯穿整个诊断原料研发及生产的始终,包括早期原料抗体的筛选、亲和力/动力学表征、结合特异性、缓冲体系的筛选和配对分析,以及生产阶段基于活性浓度测定或批次间活性检测(亲和力/动力学)的质量控制等。在原料替换的风口来临之时,必能助力企业顺势而起,扶摇直上。

“多”用途,“肽”给力——Biacore 在多肽药物开发中的应用

“多”用途,“肽”给力——Biacore 在多肽药物开发中的应用

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多肽通常指不超过 100 个氨基酸构成的肽链。多肽药物集合了化学药物和蛋白类药物的优点,如分子量小、免疫原性低、生物活性高等,成为 21 世纪极具发展前途的药物。

目前,已有多款多肽药物获批上市,如胰岛素、生长激素、依特卡肽等。Biacore 作为中美日药典收录的分子互作技术,已广泛应用于多肽药物的筛选、机理研究、长效化、免疫原性和质控放行等环节,为诸多多肽药物开发提供了关键数据。

01. 多肽药物筛选

Biacore 进行多肽药物筛选的原理主要基于动力学数据,其中 ka 反映药物与蛋白的结合快慢,kd 反映药物结合靶标的稳定性,KD 反映药物与蛋白的亲和强弱。Biacore 可以快速精准的对多肽分子进行筛选和排序,从中筛选出亲和力高、解离慢的进行进一步开发。

例如:

北京大学来鲁华教授课题组针对肿瘤坏死因子 TNF-α 进行了多肽设计计算,然后将 TNF-α 固定在传感芯片表面,基于 Biacore 完成了多肽的结合活性测定,最终筛选到了 TBHa31 这一高亲和多肽。

研究人员还基于 Biacore 设计完成了多肽的竞争实验,证实了 TBHa31 可以阻断 TNF-α 和 TNFR 的结合。作者还对 TNF-α 进行了部分位点突变,发现突变后亲和力有明显降低甚至消失,进一步证实 TBHa31 的结合靶点就是 TNF-α。

2019 年,华北理工大学附属医院利用 Biacore 技术完成了降糖多肽的筛选。前期研究发现胃泌酸调节素 OXM 是一个有降糖作用的 37 肽,但其半衰期太短。于是作者设计了一系列的 12 肽 GLP-1 激动剂接到 OXM 上,最终基于 Biacore 结果筛选到了 PP11 作为基础进行脂肪酸链修饰以延长半衰期,并取得了不错的临床效果。

02. 多肽药物机理研究

肿瘤细胞表面特异性高表达的硫酸糖胺聚糖(GAG)与肿瘤细胞转移紧密相关。由神经降压素衍生的多肽家族 (NT4) 具有显著的抑制肿瘤生长效果。细胞影像显示 NT4 多肽能够结合于肿瘤细胞表面,暗示 NT4 作用机制可能与 NT4-GAG 之间的相互作用有关。

为了阐明 NT4 的作用机制,研究人员将 NT4 多肽固定到芯片表面,不同类型的 GAG 聚糖(肝素、硫酸乙酰肝素、硫酸软骨素)依次流过芯片表面进行亲和力测定。

Biacore 结果表明肝素、硫酸乙酰肝素、硫酸软骨素均能与 NT4 直接相互作用,并且亲和力达到 nM 级别,提示 NT4 多肽具有很好的药物开发潜力。同时 NT4 与不同 GAG 之间结合的亲和力相差 1-2 个数量级,具有显著的选择性,这可能是 NT4 针对不同肿瘤治疗效果差异的分子基础。

结合细胞实验数据,研究人员比较了 NT4 对肿瘤细胞的抑制效果。NT4 与 GAG 的亲和力越高,抑制效果越好,当亲和力低至 10-8M 后,无抑制效果。

这篇文章中,Biacore 提供了直接的、定量的分子水平相互作用数据,帮助科研人员确证相互作用的发生机制和对象,与细胞实验结果具有很好的一致性。所以 Biacore 可以作为细胞实验前的高通量药物筛选工具,无需细胞培养,节省大量的时间人力成本。

蛇毒含有丰富的活性肽, 具有抗炎和免疫调节作用,但其抗炎活性成分及作用机理尚未明确。第二军医大学通过噬菌体展示技术从蛇毒中筛选得到了 Hydrostatin-SN1 这一天然多肽,采用 Biacore 阐明了该多肽能够特异性地结合 TNFR1(KD = 32μM),且 Hydrostatin-SN1 能够剂量依赖性阻断 TNF-α 与该受体的结合,从而发挥抗炎作用。

03. 多肽药物长效化

在已上市的多肽药物中,胰岛素和胰岛素类似物占有举足轻重的地位。胰岛素的好坏很大程度上取决于其与胰岛素受体的结合活性,而胰岛素疗效持续的时间长短则依赖于其在受体上解离快慢,因此,精确的表征不同胰岛素候选药物与受体结合的解离速率常数 kd,在胰岛素类药物研发的过程中至关重要。而这正是 Biacore 无可替代的优势所在。

目前,赛诺菲、诺和诺德、甘李、通化东宝等国内外胰岛素生产企业巨头纷纷采用 Biacore 进行胰岛素类似物的开发和质控,涵盖了胰岛素、德谷胰岛素、地特胰岛素、甘精胰岛素等从第一代到第四代全部的胰岛素产品。

半衰期短是多肽药物面临的一大痛点。同济大学开发了一种治疗糖尿病的新型多肽,这种经过改造的 GLP-1 类似物能高亲和地结合白蛋白,免受肾脏滤过和蛋白酶降解,从而有效延长了药物在体内的半衰期。

该设计是在 GLP-1 上通过一个可被凝血酶切割的 linker 连接了由 39 个氨基酸组成的白蛋白结合域,而延长半衰期的关键就是提高多肽与白蛋白之间的亲和力。在此过程中,研究人员用 Biacore 验证了其构建的 XTS1/2 与不同种属的白蛋白之间的亲和力。

结果显示 XTS1 与白蛋白的亲和力高于 XTS2,预测 XTS1 在体内也有更长的存留时间。后续的动物实验也表明,XTS1 比利拉鲁肽有更好的结果。

除了利用与白蛋白的结合延长半衰期外,PEG 化也是一种经典的延长多肽半衰期的方法。但 PEG 的分子量比较高,多肽在 PEG 化后有可能影响其与相应受体的结合。因此,准确检测多肽 PEG 化前后与受体结合活性的变化对于其药效的发挥至关重要。

目前,辉瑞和金赛药业在长效生长激素的开发中,也都使用了 Biacore 去检测 PEG 化前后对生长激素与受体结合的影响。并且该方法已经成为行业内的放行标准,用于不同 PEG 化多肽产品的批次放行。

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04. 免疫原性

药物在体内会引起免疫应答,轻则中和药效,重则引起不良反应。免疫原性涉及药物的安全性和有效性,因此 FDA、EMA 等法规均将药物免疫原性列为强制性要求的检测项目。免疫原性包括抗药抗体 (ADA) 的筛选、验证、分型与中和活性检测。

  • 在 2020 中国药典中,已将 Biacore 基于的 SPR 技术列为了免疫原性检测技术。
  • 在 FDA 免疫原性指导原则中,将 SPR 技术与 ELISA、RIPA 一同列为了推荐的三种筛选方法。
  • 在 EMA 对免疫原性检测的指导原则中,详细阐释了 SPR 技术进行免疫原性检测的优势:SPR 是一种实时检测技术,能够检测快速解离的抗药抗体,这些 ADA 可能无法被其他方法检测到,因为 ELISA 基于的桥联法可能会在检测过程中丢失信号,并且 Biacore 也比 ELISA 方法更耐受药物分子干扰。

因此,Amgen 公司的依特卡肽、赛诺菲公司的利西拉肽等上市多肽药物均基于 Biacore 完成了免疫原性数据申报,结果证实了 Biacore 抗药性抗体检出率高的优势。

综上所述:Biacore 作为分子互作检测金标准,已经广泛应用到多肽药物开发的很多环节,助力一大批多肽药物从研发走向上市。而作为唯一被中国、美国、日本药典收录的分子互作检测技术,Biacore 已广泛用于抗体、疫苗、多肽、小分子药物的研发、机理研究、免疫原性、质控放行等各环节,将继续为新药开发护航助力。
参考文献:

1. Angewandte Chemie, 2013, 52(42): 11059-11062.

2. Organic & biomolecular chemistry, 2019, 17(33): 7760-7771.

3. International journal of molecular sciences, 2016, 17(11): 1940.

4. Scientific reports, 2016, 6(1): 27174.

5. Scientific reports, 2016, 6(1): 1-13.

6. RSC Advances, 2019, 9(53): 30707-30714.

7. Xenobiotica, 2008, 38(10): 1340-1351.

8. Journal of immunological methods, 2017, 445: 37-44.

9. Diabetes care, 2013, 36(9): 2543-2550.

2022中医药十大学术进展发布!Biacore成果榜上有名!

2022中医药十大学术进展发布!Biacore成果榜上有名!

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2023年2月25日,中华中医药学会发布了2022年中医药十大学术进展。张伯礼院士指出:2022年度中医药十大学术进展主要呈现的价值,就包括“重视新技术新方法在中医药中的应用”。北京大学医学部曾克武教授和屠鹏飞教授与浙江大学、大连医科大学、博奥生物研究团队凭借“新技术助力中药功效科学内涵阐释”共同获选2022年度中医药十大学术进展。
中医药研究者中有广泛的Biacore用户基础,曾克武教授和屠鹏飞教授团队的这一成果里自然也有Biacore的身影。接下来就让小编带您领略Biacore这一现代科技,如何与传统中医药碰撞并融合,从而阐释中药功效科学的内涵。

天然产物中抗肿瘤活性分子 发现及作用机制揭示1

肿瘤免疫微环境(Tumor immune microenvironment ,TIME)调控因子IGF2BP1是一种关键N6 -甲基腺苷 (m6A) 阅读蛋白,识别m6A靶点转录物,被认为是肿瘤治疗的潜在靶点。2022年曾克武教授和屠鹏飞教授团队发表的研究成果中,发现了天然产物葫芦素B通过结合IGF2BP1发挥抗肿瘤作用,并且阐释了作用机制。

以IGF2BP1为出发点,作者首先发现,在小鼠H22荷瘤模型中敲低IGF2BP1,可以通过免疫细胞招募和降低TIME中PD-L1的表达来抑制肝细胞癌的进展。使用Biacore 8K,作者验证了IGF2BP1与甲基化单链RNA(ss-m6A)的强亲和力,达到了18.3 nM。并且发现,IGF2BP1与非甲基化RNA(ss-A)的亲和力则低了13倍。

确定了治疗靶点之后,作者使用Biacore 8K,直接从包含889种化合物的中药天然产物库中筛选能抑制IGF2BP1与其m6A靶点的活性分子。通过合成生物素标记的ss-m6A,作者将RNA直接固定在芯片上,将化合物固定浓度(20 μM)与IGF2BP1预孵育,检测RNA与化合物- IGF2BP1的结合信号,从而直接筛选出具有抑制效果的天然产物(图1)。

图1:Biacore 8K抑制剂筛选方法示意图
图1:Biacore 8K抑制剂筛选方法示意图

通过Biacore 8K的高通量抑制剂筛选实验,作者得到了抑制剂筛选的排序。从图2中可以直观看出,六种具有较强抑制效果的天然产物被发现,其中抑制效果最强的当属葫芦素B(CuB)。在Huh增殖抑制实验中,葫芦素B同样表现出了抑制作用,72h时的IC50达到1.0 uM。

图2:Biacore 8K抑制剂筛选结果
图2:Biacore 8K抑制剂筛选结果

高通量筛选+精确表征,在药物研究的各个阶段都少不了Biacore。在筛选得到葫芦素B后,作者当然同样使用Biacore精确表征了IGF2BP1与葫芦素B的亲和力。结果发现,二者的亲和力达到了1.2 μM,与细胞实验相互印证(图3)。

图3:Biacore精确表征IGF2BP1与CuB的亲和力
图3:Biacore精确表征IGF2BP1与CuB的亲和力

葫芦素B又是什么呢?

葫芦素B是从葫芦科等植物中分离得到的一类四环三萜类化合物,具有广泛的药理活性。以葫芦素B为主要成分的葫芦素制剂在临床治疗湿热毒盛所致的迁延性肝炎、肝硬化和原发性肝癌具有确切疗效。中药研究,除了根据已知靶点从天然产物库中找活性分子外,另一个角度则是已知活性分子,寻找作用靶点。在通过抑制剂筛选及表征,从靶点IGF2BP1出发找到活性分子葫芦素B后,作者使用“钩钓”的方法,验证是否能利用葫芦素B“钩”出靶点IGF2BP1。

作者首先合成了葫芦素B分子探针,然后利用pull-down + 质谱的方法从Huh细胞裂解液中成功“钩”到了靶点IGF2BP1,并且在免疫荧光共定位实验中证明了细胞中葫芦素B与IGF2BP1的结合。至此,不论是从靶点出发找活性分子,还是从活性分子出发找靶点,双管齐下,作者明确了葫芦素B与肿瘤免疫微环境调控因子IGF2BP1的直接结合。

为了进一步阐释葫芦素B的抗肿瘤机制,作者研究了IGF2BP1上葫芦素B的结合位置及结合方式。将IGF2BP1的结构域逐一删除后,作者发现只有缺失了C端KH结构域会使IGF2BP1与葫芦素B不能结合。通过质谱、pull-down、BLAST、CD等多种方法,作者最终确定,葫芦素B通过迈克尔加成反应结合在IGF2BP1中KH1−2结构域的Cys253上,并且会引起IGF2BP1的构象变化。

那么葫芦素B又是如何影响IGF2BP1的功能呢?

IGF2BP1本身会与ss-m6A结合,前面作者使用Biacore做了二者抑制剂的高通量筛选,得到了葫芦素B。高通量抑制剂筛选能做,单独的抑制剂表征当然手到擒来。作者设置了Biacore实验来从生化角度上表征葫芦素B的抑制效果。从结果可以看出,随着葫芦素B的浓度逐渐提高,IGF2BP1与ss-m6A的结合信号越来越低(图4)。Biacore结果与RNA pull-down实验一致,明确了葫芦素B可以抑制二者结合。

图4:Biacore实验明确葫芦素B抑制IGF2BP1与ss m6A的结合
图4:Biacore实验明确葫芦素B抑制IGF2BP1与ss m6A的结合

后续作者还发现,葫芦素B可以降低与IGF2BP1所结合的mRNA(包括c-MYC、KRAS 等mRNAs)稳定性,在体内通过诱导细胞凋亡,招募免疫细胞到肿瘤微环境,阻断PD-L1的表达,最终表现出明显的抗肿瘤效果(图5)。

图5:文章主要研究路线及作用机制概述
图5:文章主要研究路线及作用机制概述
图5:文章主要研究路线及作用机制概述

曾克武教授和屠鹏飞教授团队专注于天然活性分子治疗各类型重大疾病的发现及机制阐释,开发了包括分子探针、蛋白芯片2在内的多种靶点“钩钓”技术,多年以来,许多研究成果中均使用了Biacore作为生物分子相互作用检测技术。中国科学院院士陈凯先教授指出:年度的学术进展是中医药学术研究的“指南针”和“风向标”。相信此次研究成果的入选,也将为广大中医药研究者提供更多研究思路,对“积极推进中医药科研和创新,推动传统中医药和现代科学结合”有重要意义。

Biacore

作为现代化的体外分子互作“金标准”,以其超高的灵敏度,超高的数据质量,无分子量检测下限,适用于各类型的天然产物及生物分子研究,在中医药研究者中有广泛的用户基础。Biacore将持续与广大中医药研究者勠力同心,共同推动中医药的现代化研究和应用。

参考文献:

[1] Liu Y , Guo Q , Yang H , et al. Allosteric Regulation of IGF2BP1 as a Novel Strategy for the Activation of Tumor Immune Microenvironment[J]. 2022.

[2] Zhang et al. Neuroinflammation inhibition by small-molecule targeting USP7 noncatalytic domain for neurodegenerative disease therapy, Sci. Adv. 8, eabo0789 (2022)

胃癌靶向治疗新思路, Biacore觅得赫赛汀有效增敏剂

胃癌靶向治疗新思路, Biacore觅得赫赛汀有效增敏剂

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胃癌是我国最常见的消化系统恶性肿瘤之一,患病率高,进展较快,严重影响人民健康。目前,由于胃癌的肿瘤异质性和化疗药物的耐药等问题,进展期胃癌综合治疗效果欠佳,因而开发新型胃癌治疗药物意义重大。

曲妥珠单抗(trastuzumab)通过与HER2受体的细胞外区域结合, 抑制HER2同源二聚,从而阻止HER2 介导的信号转导,并且促进抗体依赖的细胞毒性作用,导致表达HER2 的细胞死亡,在胃癌中显示出生存获益。但是,许多接受曲妥珠单抗治疗的HER2阳性胃癌患者由于细胞敏感性不足和耐药性导致患者的用药反应差,对于临床治疗仍然具有巨大的挑战

新冠病毒跨种传播机制研究

2021兰州大学第二医院萃英生物医学研究中心焦作义团队Nature Communications发表题为“Hyperactivation of HER2-SHCBP1-PLK1 axis promotes tumor cell mitosis and impairs trastuzumab sensitivity to gastric cancer”的研究论文,报道了HER2下游存在的一条新的信号通路HER2/Shc1/SHCBP1/PLK1,该信号通路的异常激活与曲妥珠单抗耐药密切相关。并据此筛选发现了新型的SHCBP1-PLK1复合体的抑制剂茶黄素-3, 3’-双没食子酸(TFBG),可显著增敏曲妥珠单抗治疗胃癌的疗效

如图1所示,HER2和其他表皮生长因子受体(ERBBs)始终使用Shc1(一种细胞内支架蛋白)募集细胞质靶标激活下游途径,包括促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)途径,并通过增加细胞增殖,转移和侵袭来促进肿瘤发生。SHCBP1是一种Shc1结合蛋白,在HER2激活后与支架蛋白Shc1脱离。释放的SHCBP1在Ser273磷酸化后进入细胞核,从而对HER2级联反应,然后通过与PLK1结合促进有丝分裂相互作用因子MISP的磷酸化来调控细胞有丝分裂。同时,Shc1被募集到HER2进行MAPK或PI3K途径激活。HER2-SHCBP1-PLK1这一关键的信号通路驱动曲妥珠单抗敏感并在治疗上具有针对性。

图1 胃癌治疗靶点HER2下游新的信号通路HER2/Shc1/SHCBP1/PLK1
图1 胃癌治疗靶点HER2下游新的信号通路HER2/Shc1/SHCBP1/PLK1

据此研究人员采用虚拟筛选和SPR的方法,寻找抑制SHCBP1–PLK1结合的天然产物。在用Biacore进行小分子筛选时,将PLK1偶联到CM5芯片上,40个小分子化合物以100uM的浓度进样,经过分子量校正后通过与阳参的对比可以得到候选的小分子抑制剂(图2)。

图2 Biacore对40个小分子化合物进行亲和力筛选
图2 Biacore对40个小分子化合物进行亲和力筛选

最终研究人员选择了亲和力最强的小分子TFBG,与PLK1的亲和力为4.67 ×10-7M(图3)。TFBG对SHCBP1–PLK1互作的抑制也通过后续的Co-IP和细胞FERT实验得到了验证。在动物实验中,TFBG治疗与曲妥珠单抗联合显示出显著的生长抑制和肿瘤消退,表明在HER2阳性胃癌治疗中的潜在临床应用。

图3 Biacore检测TFBG与PLK1的亲和力
图3 Biacore检测TFBG与PLK1的亲和力

回顾整篇文章,研究人员采用LC-MS/MS、免疫组化、FERT、原位杂交等多种方法明确了HER2下游新的信号通路HER2/Shc1/SHCBP1/PLK1,然后以抑制SHCBP1–PLK1互作为目标,找到了小分子抑制剂TFBG,最后在细胞实验和动物实验中,TFBG联合曲妥珠单抗的方案都显示了显著的抗肿瘤效果,为胃癌临床靶向治疗提供了新思路,也对天然药物研发产生了有力推动作用。

图4 文章整体思路
图4 文章整体思路

高灵敏度的Biacore在小分子抑制剂的筛选和表征中可以输出可靠的数据,无人值守的操作能够满足高通量筛选的需求,兼具了数据质量和筛选效率。智能的筛选分析模块可以自动对样品进行分子量校正,方便直接用响应值的高低进行比较,并且可以根据需求自动进行排序或者划分阈值线,直观地呈现筛选结果,极大地提高实验效率,保证在药物开发过程中的高效性。

参考文献:

Shi, Wengui et al. “Hyperactivation of HER2-SHCBP1-PLK1 axis promotes tumor cell mitosis and impairs trastuzumab sensitivity to gastric cancer.” Nature communications vol. 12,1 2812. 14 May. 2021, doi:10.1038/s41467-021-23053-8

码要绿,果要红!Biacore助您一探苹果变红的分子机制

码要绿,果要红!Biacore助您一探苹果变红的分子机制

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两会期间,“树立大食物观”的观点被提出,水果是食物保障中的重要内容。中国的苹果年产量4406.6万吨(2020年),占全球苹果产量的近一半,常见的苹果品种也有几十种之多。超市里的苹果有红有绿还有黄,顾客关注哪个苹果好吃,而中国农业大学的研究团队则一直在盯着苹果果皮:它是怎么变色的?

2022年2月,中国农业大学韩振海、吴婷老师团队在著名植物学期刊《Plant Cell》发表了关于苹果果皮褪绿机制的最新研究成果“Phosphorylation of MdERF17 by MdMPK4 promotes apple fruit peel degreening during light/dark transitions”。该研究发现,MdMPK4与MdERF17结合并使其磷酸化,进而调控苹果褪绿过程,并且这一过程受昼夜的光照影响。研究团队利用Biacore鉴定了MdMPK4与MdERF17的结合,并且利用Biacore发现不同MdMPK4与MdERF17之间结合能力的差异,为文章的关键发现了提供了重要数据。

苹果变红包括叶绿素降解(褪绿)和花青素积累。早在2018年,韩振海、吴婷老师团队发表在《Plant Physiology》的研究成果中,就发现乙烯响应因子ETHYLENE RESPONSE FACTOR17 (MdERF17)通过结合褪绿相关基因PPH、NYC的启动子来调控褪绿过程,其中Biacore提供了MdERF17与启动子结合的关键信息。近期文章中,作者首先利用免疫印迹法鉴定出与MdERF17相互作用的激酶MAP KINASE4(MdMPK4),利用Biacore T200,将MdMPK4固定在CM5芯片上,使MdERF17流过芯片表面检测动力学/亲和力,结果明确了MdMPK4-06G/14G与MdERF17-8s/3s的相互作用(图1)。

图1 Biacore检测MdMPK4与MdERF17的结合能力
图1 Biacore检测MdMPK4与MdERF17的结合能力

随后作者利用免疫印迹和LC-MS发现MdMPK4-14G可以在Thr67位点磷酸化MdERF17-8s,而MdMPK4-06G则不能,这为后续昼夜调控的研究埋下了伏笔。沿着前文研究的信号通路,作者设计了以MdMPK4-14G和MdERF17为效应子,以PPH-LUC、NYC-LUC为报告基因来检测体内的互作,发现只有在MdERF17受MdMPK4-14G磷酸化后才会激活下游PPH、NYC的转录。

为了进一步研究这一机制对叶绿素降解的调节,作者比较转入了空载或MdERF17的苹果果实,发现转入MdERF17的果实中PPH、NYC表达水平升高,叶绿素含量降低,且这一现象仅在MdERF17能被磷酸化的一组中出现,说明MdERF17的磷酸化促进了叶绿素的降解。

研究团队之前的文章中利用Biacore发现ERF17基因重复编码区,丝氨酸残基增多,对下游叶绿素降解相关基因PPH、NYC启动子的结合能力和稳定性也随之增强(图2)。本文同样利用Biacore研究了不同长度丝氨酸的影响,在Biacore结果发现MdERF17-8S与MdMPK4的亲和力更强(表1)之后,作者选择了MdERF17-3S纯合子的紫塞明珠和MdERF17-6S/8S的红富士,发现果实成熟期间叶绿素降解与MdERF17磷酸化呈现正相关的关系,进一步说明MdERF17重复编码区中丝氨酸个数与其磷酸化和下游叶绿素降解的关系。

图2 Biacore检测发现ERF17中重复丝氨酸的数量影响与下游启动子的结合能力
图2 Biacore检测发现ERF17中重复丝氨酸的数量影响与下游启动子的结合能力

表1 Biacore 测定MdERF17与MdMPK4的动力学参数

表1 Biacore 测定MdERF17与MdMPK4的动力学参数

聊完了MdERF17,继续关注上游的激酶MdMPK4。前面提到,MdMPK4-14G可以磷酸化MdERF17,而MdMPK4-06G则不能。作者进一步比较MdMPK4-14G和MdMPK4-06G启动子上游的基因序列后,发现MdMPK4-14G独有一个昼夜节律相关的原件。由此团队研究了白天和夜晚时MdMPK4-14G的表达水平,蛋白丰度及MdERF17的磷酸化水平,发现MdMPK4-14G是个不折不扣的夜猫子!不仅在晚上表达水平高,蛋白丰度高,引起的MdERF17的磷酸化程度也更高。作者对嘎啦苹果过程成熟中进行持续暗处理,发现MdMPK4-14G直接参与黑暗条件下叶绿素的降解。

图3 黑暗条件下MdMPK4-14G的表达水平和磷酸化能力提高

图3 黑暗条件下MdMPK4-14G的表达水平和磷酸化能力提高

至此,脉络逐渐清晰起来。基于大量的研究成果,作者提出了一个调控苹果变色的模型(图4)。晚上黑暗条件下,MdMPK4-14G带领着下游分子工作,降解叶绿素,给苹果褪绿,白天光照时,MdMPK4-14G休息,轮到MdMPK4-06G上场,积累花青素给苹果着红色。生物分子受光调节,同心协力,才结出了红的黄的绿的苹果,地球日过去不久,希望大家一直珍惜粮食呀!

图4 苹果果实中MdMPK4-14G介导的MdERF17磷酸化调控叶绿素降解

图4 苹果果实中MdMPK4-14G介导的MdERF17磷酸化调控叶绿素降解

植物学的研究总是厚积薄发,并且关系着农业、食品、环境、药物等等,哪一个都与我们的生活息息相关。从生长发育机制到抗逆,从天然活性成分的发现到农残检测,Biacore一直全力支持着植物学研究者。劳动节刚刚过去,北方夏收即将到来,在这里祝农民朋友,科技工作者,参与粮食生产的每一位劳动者丰收!