Biotin CAPture Kit方案:轻松搞定生物素化配体可逆捕获!

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Biotin CAPture Kit方案:轻松搞定生物素化配体可逆捕获!

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   小明

你的互作实验做的怎么样了?

小方

我正烦着呢,不知道用哪种实验方案?

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   小明

你那个配体蛋白不是生物素标签吗,用SA芯片妥妥的。

小方

我有十个配体蛋白要做呢,如果能可逆捕获就好了。

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   小明

这还不简单,我给你推荐个好东西-Biotin CAPture Kit,刚好符合你的要求。

小方

靠谱吗?

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   小明

当然!已经有好多应用文章了,我给你详细介绍介绍。

什么是Biotin CAPture Kit?

传统的SA/NA芯片可以将生物素化的配体不可逆地固定于芯片表面,而Biotin CAPture Kit提供了一种可逆捕获生物素化配体的方案,先在芯片上搭建一层改造的带有Streptavidin的核酸,即Biotin CAPture reagent,再将生物素化的配体捕获到CAP芯片表面,检测完成后用固定的再生液将配体/分析物/Biotin CAPture reagent洗掉进行下一轮进样,实现了生物素配体的可逆捕获(图1)。
图1:Biotin CAPture Kit工作示意图
Biotin CAPture Kit
检测多肽和蛋白的互作

“Inject and elute”是一个强大的功能模块,它可以用来从传感器芯片的配体上洗脱结合的分析物,并将其收集到目标样品管中。通过重复的“上样-洗脱-回收循环”,可以将目标组分从复杂的样品溶液中“钓出”,并显著提高其浓度,从而方便进行后续的成分鉴定及分析。

2024年,厦门大学在《Nature Communications》期刊发表研究论文,提出利用更多样化的二硫键导向基序构建多环肽库,为拓展功能肽的序列与结构空间开辟了新路径。
研究中使用Biotin CAPture Kit检测了多肽和蛋白靶点EphA2/HER3/ICOS的结合亲和力,生物素化的蛋白通过Biotin CAPture reagent固定到CAP芯片表面,设置多肽的浓度梯度进行检测。
图2:多肽与HER3的亲和力检测
由于Biotin CAPture Kit可以实现生物素化蛋白的可逆捕获,可以更换配体蛋白完成多组实验。
图3:ICOS/EphA2结合肽亲和力的优化
Biotin CAPture Kit
检测抗体和GPCR的互作
2019年上海药物所在《Structure》上发表文章,介绍了利用合成抗体 (sAB) 作为标记物,通过单颗粒冷冻电镜 (SP cryo-EM) 技术研究G蛋白偶联受体 (GPCR) 信号复合物结构的方法。文章的核心是开发了一系列针对G蛋白和GRK1的sAB,并验证了它们在结构研究中的应用价值。
其中GRK1蛋白带有Avi-tag,研究中使用Biotin CAPture Kit固定GRK1蛋白,完成了亲和力、结合表位以及野生型/突变体结合差异的研究。
图4:针对GRK1蛋白的抗体表位研究及突变体研究

Biotin CAPture Kit

检测多肽/小分子和蛋白的互作

2020年Roche在《Journal of Biological Chemistry》上发表文章,探讨了小分子AX-024对T细胞增殖的影响及其作用机制,有助于更好地理解AX-024的作用机制,为开发治疗自身免疫性疾病和炎症性疾病的新药物提供线索。
研究中,将生物素化的Nck1-SH3.1蛋白通过Biotin CAPture Kit固定于CAP芯片,检测与CD3γ衍生肽和AX-024的结合。

结果表明接头蛋白Nck与TCR的CD3ε亚基结合,对TCR信号传导至关重要,但AX-024并未与Nck1-SH3.1直接结合,其作用机制可能并非通过抑制Nck/TCR相互作用来实现,AX-024的确切靶点仍需进一步研究。

图5:CD3ε肽(左图,Kd=8.3±0.1μM)/AX-024与Nck1-SH3.1结合
Biotin CAPture Kit作为一种可逆捕获生物素化配体的实验方案,可以检测蛋白/多肽/小分子等多种样品,并且兼容多循环动力学和单循环动力学,完成包括亲和力检测/表位检测等多种研究。
更加定制化的分子固定方案:Biacore SIA Kit Au芯片解锁DIY新可能

更加定制化的分子固定方案:Biacore SIA Kit Au芯片解锁DIY新可能

更加定制化的分子固定方案:Biacore SIA Kit Au芯片解锁DIY新可能

今天,我们就来详细介绍如何利用这款裸金芯片定制属于您的分子互作实验!

产品描述

该产品适用于Biacore所有机型。
裸金芯片适用于Biacore所有机型

图1:
A:Sensor Surface Au(pack of 10)
B:Sensor Chip Assembly Unit classic
C:Sensor Chip Assembly Unit Series S
D:Protective Sheath classic
E:Sensor Chip Support classic(pack of 10)
F:Sensor Chip Support Series S(pack of 10)
G:Protective Sheath Series S
H:Double-sided Adhesive(pack of 16)

传感芯片组装步骤

以下说明中的插图仅表示C系列芯片的组装步骤,对于S系列芯片也采取相同的步骤。

第一步

将传感器芯片支架(E)放置在相应的传感器芯片组装单元(B)上(传感器芯片支架只能以一种方式定向),如图所示:
芯片的组装步骤:传感芯片支架放置
图2:传感芯片支架放置

第二步

取一条胶条(H),取下白色保护罩,将胶条背贴在传感器芯片支架上;
将胶条压在支架(E)上,取下胶条衬底;
从组装单元(B)上拆下带有胶条的传感器芯片支架(E),并将组装单元(B)转过来。

如图所示:

芯片的组装步骤:安装胶条
图3:安装胶条

第三步

将上一步中的传感芯片放入组装单元(B)的中心位置,玻璃面面向组装单元。确保传感器表面放置平稳,如图所示:
芯片的组装步骤:放置玻璃面
图4:放置玻璃面

第四步

将带胶条的支架(E)放在组装单元(B)上,用力按压,将传感器表面固定在支架上。传感器芯片支架(E)只能以一种方式定向,如图所示:
芯片的组装步骤:传感芯片支架制备完成
图5:传感芯片支架制备完成

第五步

确保传感器表面的玻璃面清洁。可使用无绒布擦拭玻璃面或加压氮气,或使用空气吹走颗粒(被加压的气体必须是高质量的,无汽化的油颗粒)。

第六步

将已安装好的传感器芯片支架完全插入传感器芯片外壳(D)中并确保传感器表面方向正确。

裸金芯片表面固定方式

方法一

斯洛伐克科学家在Biomedicine&Pharmacotherapy杂志上发表了一篇关于前列腺癌细胞外泌体研究的文章,他们就利用Biacore X100以及Biacore SIA Kit Au芯片,通过表面等离子共振(SPR)技术探究了外泌体(分析物)与特定受体(配体)的相互作用。

作者使用裸金芯片的方式如下(如图6所示):

将11-mercaptoundecanoic acid(MUA)溶解在乙醇中,配置成5 mM的溶液;
将裸金芯片浸泡在上述5 mM MUA溶液中,在室温下孵育过夜(在黑暗条件下进行孵育可以防止MUA被氧化),MUA分子会自发地吸附在金芯片表面,并形成一层有
序的单分子层;
将芯片从MUA溶液中取出,并用乙醇和纯水清洗,以去除未结合的MUA分子。
裸金芯片制作示意图
图6:裸金芯片制作示意图

方法二

郑州轻工业大学发表题为《Surface plasmon resonance aptasensor based on niobium carbide MXene quantum dots for nucleocapsid of SARS-CoV-2 detection》的文章,该文章介绍了一种研发的新型无标记表面等离子共振(SPR)适配体传感器,用于检测SARS-CoV-2病毒衣壳蛋白。该传感器以硫醇修饰的Nb2C-SH QDs作为传感表面,用于固定适配体。

作者使用裸金芯片的方式如下(如图7所示):

使用H2SO4/H2O2(70/30 v/v)溶液清洗芯片1 min,以去除表面的杂质和污染物;
使用纯水冲洗芯片,去除残留的清洗液;
将芯片在N2气流中干燥,以去除残留的水分;
将10 μL Nb2C-SH QDs悬浮液(0.1 mg/mL)滴加到芯片表面(由于硫醇基团与金原子之间的共价键Au-S以及自组装相互作用,Nb2C-SH QDs会均匀地覆盖在芯片
表面,形成一层均匀的Nb2C-SH QDs层;
将芯片与N58适配体溶液孵育,通过π-π*堆积、静电吸附和氢键等作用,将适配体稳定地固定在Nb2C-SH QDs层上(适配体浓度为100 nM,流速为5 μL/min,固定
时间为30 min)。
裸金芯片表面修饰示意图
图7:裸金芯片表面修饰示意图

方法三

2018年,在Colloids And Surfaces B-biointerfaces杂志发表了题为《Specific binding of human C-reactive protein towards supported monolayers of binary and engineered phospholipids》,其中就利用了Biacore以及Biacore SIA Kit Au研究了CRP蛋白(作为分析物)与磷脂单层膜(配体)的特异性结合。

作者使用裸金芯片的方式如下(如图8所示):

将裸金芯片浸泡在10 mM Tetradecanethiol的乙醇溶液中2h,形成自组装单分子层(SAM);
用乙醇和水冲洗芯片,去除未结合的Tetradecanethiol;
制备均匀尺寸的脂质体悬浮液;
将脂质体悬浮液注入到Biacore X100芯片,通过脂质体融合过程形成支撑磷脂单分子层;
用1 mM NaOH冲洗60 s或缓冲液冲洗60 min,去除松散结合的脂质。
支撑磷脂单分子层形成示意图
图8:支撑磷脂单分子层形成示意图
Biacore SIA Kit Au芯片,以其高灵活性、可定制化的操作,为生物分子相互作用研究带来了新的可能。这不仅是实验工具的升级,更是研究思维的解放。无论是药物研发、疾病诊断还是基础研究,都能助您一臂之力,助力您发现更多生命科学的奥秘!
膜蛋白研究“芯”发现:L1芯片的多种玩法

膜蛋白研究“芯”发现:L1芯片的多种玩法

膜蛋白研究“芯”发现:L1芯片的多种玩法

传感器芯片是Biacore SPR系统的核心,提供产生SPR信号所需的物理条件。我们想要研究的相互作用发生在传感器芯片的表面。Biacore分析的特异性取决于附着在传感器表面的分子的性质和特性。

我们一般可以使用三种不同的方法将生物分子附着到传感器芯片表面:

01

共价固定(Covalent immobilization)

          分子通过共价键连接到表面;

02

高亲和力捕获(High affinity capture)

          目标分子通过与另一个分子(通常本身通过共价固定附着)的非共价相互作用附着;

03

疏水性吸附(Hydrophobic adsorption)

          利用疏水相互作用附着目标分子或疏水性载体(如脂质双层)到传感器芯片表面。
Biacore为客户提供超过20种(预制+Kit)芯片表面,满足不同的应用需求。
表1:Biacore传感器芯片

备注:Biacore X100或3000机型,芯片选择Classic款;Biacore 1系列、8系列、T200与S200机型,芯片请选择S款。

而今天的主角

是膜蛋白的研究利器:L1芯片

Sensor Chip L1的表面由羧甲基化葡聚糖基质组成,该基质经过亲脂性基团修饰,用于捕获含有或不含膜蛋白的脂质囊泡。

结合过程涉及囊泡扩散到表面,以及Sensor Chip L1上的亲脂性结构掺入脂质膜中,非共价锚定囊泡。我们可以通过Sensor Chip L1上的疏水相互作用非特异性地捕获脂质体、纳米盘(nanodiscs)和其他脂蛋白颗粒。该表面为脂质膜的附着提供了位点,同时保持了CM类型传感器芯片的亲水表面特性和共价固定潜力。

1.1

使用准备

确保Biacore SPR仪器得到适当维护和清洁,并且在dock Sensor Chip L1之前去除其他分析中使用的所有去污剂痕迹。建议对所有仪器进行以下清洁程序作为常规。使用dock在仪器中的空白Sensor Chip CM5或维护芯片运行该程序:
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根据仪器维护说明运行Desorb(除盐),然后运行Sanitize(除菌);

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使用仪器推荐的缓冲液更换程序,切换到蒸馏水作为运行缓冲液;

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让仪器在Standby(待机)模式下或以低连续流速通蒸馏水过夜运行;

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再次使用推荐的缓冲液更换程序,切换到实验用的(无去污剂)运行缓冲液。

1.2

脂质体制备

用于吸附在Sensor Chip L1上的脂质体应使用标准脂质体制备技术在运行缓冲液中制备。相对于磷脂,0.5 mM的浓度通常就足够了。吸附到Sensor Chip L1的速率不受脂质体大小的显著影响。膜相关蛋白和跨膜蛋白都可以掺入脂质体中。

1.3

将脂质体附着到传感器表面

用至少两次、30秒的去污剂注射清洗表面,例如水中的20 mM CHAPS(3-[(3-胆酰胺丙基)二甲基铵基]-1-丙磺酸内盐)或40 mM辛基葡萄糖苷,或用1份异丙醇和3份50 mM NaOH的混合物清洗。彻底清洗针头和流动系统(包括IFC中的样品线)非常重要;

以低流速(2至10 μL/min)注入脂质体制备物。通常在几分钟内即可实现足够的脂质体吸附。吸附表现为响应的增加,当表面覆盖接近完成时趋于平缓。在脂质体制备物流过后,让缓冲液流过表面5至10分钟以稳定脂质体层的形成;

对于用纯脂质体制备的表面,可以使用短时间注射10至100 mM NaOH来去除松散结合的结构并稳定基线。注意:此处理可能会损坏含有添加剂(如胆固醇、神经酰胺或蛋白质)的脂质体;

在分析开始时进行几次缓冲液或再生溶液的空白注射以稳定表面。

根据脂质体组成、缓冲条件和温度,脂质体可能会在葡聚糖基质上融合,形成部分或完全覆盖传感器表面的支撑脂质双层。通常,未融合脂质体的表面吸附容量超过10,000 RU,而融合的脂质双层在某些情况下产生的响应在5,000 RU左右。

融合并释放多余脂质的过程,可能在脂质体吸附后表现为响应值的向下漂移。在注入样品之前可能需要等待响应稳定。

表面重构

表面重构(On-surface reconstitution,OSR)是一种在传感器表面上以去污剂溶解形式固定化膜蛋白后,在其周围重新建立脂质环境的方法。与将脂质体吸附到Sensor Chip L1相比,这种方法的主要优势在于蛋白质配体是固定化或附着在表面上的,而不是被动携带在吸附的脂质体中,通常提供更高的潜在配体容量,并允许更好地控制固定化特性,如配体密度和取向。该方法适用于重构跨膜蛋白(如G蛋白偶联受体[GPCR])周围的膜环境[1]。

为了实现OSR,首先将去污剂溶解的配体固定化或捕获在Sensor Chip L1的两亲性表面上,然后立即暴露于混合的去污剂-脂质胶束注射。胶束自发吸附到传感器表面上的亲脂性残基和配体上的疏水域上。随后去污剂从表面洗脱到缓冲液流中,留下富含配体的重构脂质双层(图1)。

图1:Sensor Chip L1上的OSR从而形成覆盖传感器芯片表面的重建脂质双层
用于OSR的运行缓冲液应不含去污剂,以允许去污剂从表面洗脱和脂质膜的重构。为避免将固定化的配体暴露于无去污剂缓冲液,如果可能,混合胶束的注射应在配体注射后直接进行,中间不中断运行缓冲液,这可以通过使用连续注射(Dual Command)来实现。

2.1

配体和胶束的制备

配体应使用具有高临界胶束浓度(CMC)的去污剂(如辛基葡萄糖苷)溶解,这种去污剂可以在运行缓冲液中相对容易地洗脱。如果配体浓度足够高,通常可以直接从溶解的细胞提取物的上清液中捕获配体到传感器表面,无需额外的纯化步骤。共价固定的配体必须首先以去污剂溶解的形式富集。

混合胶束在运行缓冲液中制备,通常通过将干燥的脂质制备物溶解在缓冲液-去污剂混合物中。胶束中去污剂和脂质的比例对OSR的成功很重要,并由去污剂的CMC和脂质在给定缓冲液和温度条件下的溶解度决定。最佳比例差异很大,通常必须根据经验进行微调。

对于由辛基葡萄糖苷和POPC组成的胶束,在HBS缓冲液中发现的最佳混合物是7.5 mM辛基葡萄糖苷和3.75 mM POPC。重要的是混合胶束制备物不浑浊(浑浊表明存在囊泡),因为这将导致囊泡捕获而不是膜重构。过量的脂质通常会导致囊泡形成并产生浑浊,而过量的去污剂会损害混合胶束在表面的吸附。

制备混合胶束的推荐程序如下。为了优化脂质-去污剂比例,在建议的浓度范围内准备脂质和去污剂各五种浓度,总共25种脂质-去污剂比例。请注意,脂质和去污剂浓度都需要优化。

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将10 mM氯仿中的脂质移液到用氯仿清洗过的玻璃管中,量足以产生0.1至10 mM的脂质浓度;

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在氮气流下蒸发氯仿,并通过减压蒸发至少2小时去除最后的溶剂痕迹;

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通过从0.5 M辛基葡萄糖苷储备液和10x浓缩HBS稀释,在HBS缓冲液中制备20至40 mM的辛基葡萄糖苷溶液;

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将去污剂溶液加入脂质中,并在室温下每10分钟摇动一次,至少持续45分钟。确保脂质残留物不留在管壁上;

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制备物若保持浑浊,说明去污剂太少,脂质形成囊泡而不是混合胶束。这些制备物可以丢弃;

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澄清的制备物可以测试其对Sensor Chip L1的吸附性,使用已用两次40至50 mM CHAPS注射调节过的未修饰芯片。以5至10 μL/min的流速注射每种制备物1至8分钟。每次测试之间用两次1分钟的50 mM辛基葡萄糖苷注射再生表面。

最佳脂质-去污剂比例是在测试注射中给出最高响应的澄清溶液(图2)。对于POPC胶束,预期响应比基线高约3,000至6,000 RU。水平可能因其他脂质体类型而异,例如,阴离子脂质通常给出较低的响应水平。
图2:不同脂质-去污剂比例的混合胶束在Sensor Chip L1上的吸附测试。(A)去污剂过多(B)脂质过多(C)最优比例

2.2

固定化配体

捕获方法通常更可取,因为配体注射可以紧接着混合胶束注射。共价固定方法在某些情况下可能有效,前提是配体制备物中的去污剂不干扰固定化化学,并且所有清洗和偶联溶液都包含去污剂以保持配体活性。通常,与吸附含配体的脂质体相比,使用OSR更容易实现更高的配体水平(分析物结合容量)。

2.3

脂质沉积和膜重构

将混合胶束制备物在去污剂溶解的配体附着到表面后,通过短时间(通常1至2分钟)注射流过表面,然后使用无去污剂运行缓冲液洗脱去污剂并重构膜。

膜蛋白分析综述

为使用Biacore SPR系统分析而制备脂质体和膜蛋白时可使用的策略大致可分为:
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溶解的蛋白质

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可溶性蛋白质结构域和变体

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类膜环境

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固定的完整细胞或细胞膜

捕获带标签或生物素化的膜蛋白作为附着方法正变得越来越普遍。当使用天然膜制备物时,这也增强了附着的特异性。处理膜蛋白时有用的亲和标签包括His标签或1D4标签。

在处理去污剂溶解的蛋白质时,在运行缓冲液中添加去污剂可能有助于防止蛋白质功能丧失。为避免传感图假象,通常在运行缓冲液中添加的浓度低于用于溶膜的缓冲液。

另一方面,在类膜环境中的分析需要无去污剂运行缓冲液,因为去污剂可能干扰脂质结构。类膜环境包括例如蛋白脂质体、重构膜、nanodiscs、Salipro技术、病毒样脂蛋白颗粒(VLPs)和苯乙烯马来酸脂质颗粒(SMALPs)。

有关SMALP的应用[2,3]可参考👇🏻

《Biacore十八般芯片知多少L1芯片构建膜蛋白药物筛选体系》

更多关于GPCR的应用(脂蛋白[4],nanodiscs[5],重构膜[6]),可参考👇🏻

《G蛋白偶联受体那些事儿》

Biacore,for a better life

Biacore作为被中美日等多国药典收录的分子互作检测“金标准”之一,已广泛应用到基础科研与药物开发的多个领域。截至目前,借助Biacore累计发表的文章已突破68000篇,超过100种的已上市药物的研发、申报、生产过程中也均有Biacore的身影。同样期待越来越多骨科相关疾病的治病机制被发现、药物被开发,造福临床,造福人类。
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Cell文章优选芯片:特异性捕获&牢固偶联兼得,且看Biacore NTA

Cell文章优选芯片:特异性捕获&牢固偶联兼得,且看Biacore NTA

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芯片是什么?

是提供金膜形成SPR(表面等离子共振)现象的关键角色,也是给配体分子栖身之所的大本营。

Biacore芯片如何抓住配体分子?

CM系列芯片可依靠羧基与伯氨等基团的共价结合,而捕获类芯片则借助捕获分子与配体分子的特异性结合。

特异性捕获&共价偶联兼得

有这样一种芯片,既可以共价结合又可以特异性捕获,它是谁呢?本期就带您认识具有双重身份的Biacore NTA芯片

在金膜之上,NTA芯片的羧基化葡聚糖表面上修饰了NTA(次氮基三乙酸),NTA加Ni2+赋予其“捕获”功能,而未完全修饰的羧基基团则赋予其“偶联”的功能。使用“捕获”功能,可以得到特异性、可逆的捕获芯片,而同时使用“捕获”+“偶联”,就可以牢固地偶联His标签配体蛋白,且不需低pH缓冲液稀释。一张芯片,“双重”身份。
捕获:
NTA可通过螯合Ni2+,特异性捕获His标签蛋白,进一步检测此His标签蛋白与其他分子(无His标签)的动力学/亲和力检测等实验,实现可逆捕获检测实验。

 1 

串联法 (Tandem)

图1:抗原表位分析的实验方法示意图a夹心法、b预混法、c串联法

Biacore提供成熟的NTA芯片及配套试剂盒,包含了实验中会用到的螯合及再生试剂。控制软件中选择Kinetics/affinity using Sensor Chip NTA(Insight software of 1 series and 8 series & Control software of S200,X100及T200在Kinetics/affinity-芯片类型选择NTA即可)即可开展实验。具体实验流程包括:
  • General:芯片表面螯合Ni2+;
  • Capture:捕获His标签配体 (Ligand in running buffer) ;
  • Analyte:进样分析物,检测与配体的结合和解离过程。单循环实验中,可以在此步设置中一个循环设置多个浓度,直接得到浓度梯度的结果;
  • Regeneration:用EDTA洗去Ni2+及配体。
整个循环结束后,芯片回归到初始状态,可以用于其他His标签配体的检测。需要注意的是,分析物不可以有His标签,否则会直接结合在Ni2+上,影响检测结果。

熟悉His标签的老师可能会问:必须用EDTA再生么?当然不是。Kong et al. 使用NTA捕获法检测14–3-3ζ蛋白与化合物的结合时,化合物与靶点蛋白可以完全自发解离(快解离),因此不设置再生[1];Lu et al. 使用NTA捕获法检测膜蛋白A2AR与化合物的结合,使用5 mM theophylline再生洗掉分析物而保留配体[2]。

捕获+偶联:
今年Cell杂志上发表的以Clp蛋白酶为靶点的新型抗结核病BacPROTACs研究成果,就是使用NTA芯片说明书中的Capture & Coupling的方法,检测ClpC3与天然抗生素或HBPs (Homo BacPROTACs) 的结合[3]。

图2:NTA芯片Capture & Coupling后,单循环检测ClpC3与药物的亲和力

“捕获”+“偶联”可使His标签配体蛋白稳定地共价结合在芯片。区别于CM系列芯片,NTA芯片并不通过静电吸附达到富集的目的,而是利用Ni2+与His标签的特异性结合,所以配体分子不需要使用低pH的醋酸钠缓冲液,用运行缓冲液稀释即可。

在Biacore控制软件中选择Immobilization-芯片类型选择NTA-add step-NTA Amine(Insight software of 1 series and 8 series, X100、T200及S200可在偶联方法中自定义偶联方法)即可开展实验。具体实验流程包括:

  • General:芯片表面螯合Ni2+;
  • Activation:EDC/NHS活化;
  • Capture:捕获His标签配体 (Ligand in running buffer) ,同时发生捕获和偶联。除了设置配体进样时间外,Biacore特有的Aim for target level模式,无需紧盯偶联信号,不用担心偶联多了、少了,只需要输入想要的偶联量,仪器自动调整进样时间,准确达到目标偶联量。精准偶联So Easy;
  • Deactivation 1:乙醇胺封闭;
  • Deactivation 2:用EDTA洗去Ni2+。

图3:NTA芯片捕获+直接偶联,target模式下自动完成目标偶联量

NTA-Amine实验结束后,His标签配体分子被牢牢地偶联在芯片上,等同于CM系列芯片的氨基偶联。后续的动力学/亲和力检测可按照实验需求,设置结合解离及再生步骤,再生并不会洗掉配体。值得注意的是,偶联完成后芯片上没有了Ni2+,所以分析物有无His标签都可检测。
串联法检测结果中,首先使A抗体尽量饱和抗原位点,若B抗体与A抗体结合在抗原不同表位上,则B抗体仍能结合芯片上的抗原,表现为蓝色曲线;若B抗体与A抗体结合抗原同一表位,则B抗体不能结合在抗原上,表现为红色曲线。

在夹心法和串联法中,也可以同时在第二步进有A抗体背景的B抗体(二者的混合物)3来规避掉A抗体与抗原的解离。

“芯”发现:CM系列芯片的多种玩法

“芯”发现:CM系列芯片的多种玩法

“芯”发现:CM系列芯片的多种玩法

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Biacore作为一种非标记分子互作技术,方便大家在开展实验的时候,无需样品前处理或者无需对样品进行任何标记。Biacore芯片巧妙的设计,可以利用样品上的各种基团,简单、便捷地固定样品。固定样品的方式非常多,其中最简单的便是氨基偶联法(直接法)。除了氨基偶联方法外,还可以通过醛基偶联、巯基偶联、马来亚酰胺偶联等方法,那么就让我们一起来盘点一下,各类偶联方法是如何实现对配体的固定吧!

氨基偶联

氨基偶联是将生物分子共价固定于传感芯片表面时使用最广泛的方法。CM3、CM4、CM5、CM7、C1、PEG芯片均可利用配体上的氨基来进行共价固定。氨基偶联原理如下图所示,传感芯片表面的羧基首先被EDC和NHS的混合物活化,从而生成具有反应活性的琥珀酰亚胺酯。然后,将配体分子流经传感芯片表面,琥珀酰亚胺酯与配体的伯胺基团或其他亲核基团发生反应,将配体共价连接于芯片上。

图1:通过氨基偶联固定配体的化学原理

相信各位老师对氨基偶联的方法也不陌生,那么我们带各位老师来温习一下。

推荐的氨基偶联程序

1

配体富集:确定最佳的预富集条件,以富集足够的蛋白到芯片表面;

2

实验条件:推荐使用流速5-10 ul/min;

3

活化芯片:进样1:1混合的EDC/NHS溶液6-10 min,如果是PEG芯片,进样混合溶液30 s即可; 

4

配体固定:进样配体5-10 min,配体浓度推荐10~100 ug/ml;

5

芯片封闭:进样乙醇胺6~7 min。

这里所推荐的实验条件常用于一般目的的固定需求。配体浓度和进样时间是可以用来控制配体固定量的两个主要因素。如果偶联水平太高,可通过:

  • 减少配体浓度;
  • 减少进样时间;
  • 减少活化时间来控制偶联量。如果需要较少的偶联量 (<500 RU) ,可尝试EDC/NHS以20%/80%混匀,活化30 s即可。

另外,Biacore还可以通过Aim for immobilized level程序实现目标量偶联,无需费心摸索,仪器轻松自动固定配体至合适的偶联量。

氨基偶联如果顺利完成,典型的传感图如下所示:

图2:利用氨基偶联固定配体的典型传感器图

大部分蛋白质含有多个氨基基团,因而可在不严重影响配体生物学活性的前提下进行有效的固定。但是,在某些情况下,氨基偶联中参与反应的氨基可能涉及到配体的活性位点或结合位点附近的基团,因此可能在固定之后导致配体活性的丧失。另外,酸性蛋白由于很难被预富集,无法通过氨基偶联固定在芯片上。在这些情况下,可尝试使用其他偶联化学反应(如巯基、醛基、马来酰亚胺等)固定配体。

巯基偶联

由于蛋白质序列中巯基的数量通常少于氨基(有些蛋白质序列中仅有一个巯基位点),因此,巯基偶联方法有助于以确定的取向固定配体分子。在表面巯基偶联中,由于通过PDEA试剂代替了羧基而在配体分子中引入有反应性的二硫化物,从而提高蛋白质的等电点,改进了静电预富集效果,因此,表面巯基法还可用于酸性蛋白质的固定。

巯基偶联方法利用了巯基和活性二硫化物基团之间的交换反应。当活性二硫化物被引入到芯片葡聚糖基质上,而配体提供结合的巯基,这类方法称为配体巯基法。另一种方式,芯片葡聚糖基质上的巯基与配体的二硫化物结合时,则称为芯片表面巯基法。CM3、CM4、CM5、CM7、C1芯片均可实现巯基偶联。

配体巯基偶联

本身含有巯基的配体蛋白可利用本方法固定在芯片上,利用PDEA将反应性二硫化物基团引入到传感芯片的葡聚糖基质上,实现两者的共价结合。

图3:通过配体巯基偶联固定配体的化学原理

那么配体巯基偶联要怎么实现呢?推荐的实验流程如下:

1

配体富集:确定最佳的预富集条件,以富集足够的蛋白到芯片表面;

2

实验条件:流速5-10 ul/min;

3

芯片活化:进样1:1混合的EDC/NHS溶液2 min; 

4

引入二硫化物基团:进样PDEA 4 min;

5

配体固定:进样配体6~7 min;

6

芯片封闭:半胱氨酸-NaCl 4 min。

配体巯基偶联如果顺利,那么传感图如下图所示:

图4:串联法的典型传感图

芯片表面巯基偶联

芯片表面巯基偶联法是将巯基引入到传感芯片的葡聚糖基质上,并将反应性二硫化物引入到配体分子上。通过巯基-二硫化物交换反应实现配体与芯片表面巯基的偶联。

图5:通过配体巯基偶联固定配体的化学原理

那么实验第一步,就是用PDEA对配体进行修饰,让配体带上反应性二硫化物,此过程还可以提高配体的等电点。推荐实验步骤如下所示,如有需要,可缩小溶液体积。

1

在25°C下,用0.5 mL 0.1 M的MES缓冲液 (pH5.0) 配制1 mg/mL的配体溶液;

2

在MES缓冲液中加入0.25 mL 15 mg/mL PDEA(PDEA的最终浓度为22 mM);

 

3

加入25 µL 0.4 M EDC(EDC的最终浓度为13 mM);

 

4

混合,并在25°C孵育10分钟或在冰上孵育1小时;

5

通过适当的缓冲液置换方法去除过多的试剂。

实验第二步,我们需要测定修饰配体的程度。对于PDEA修饰的蛋白质来说,可以通过二硫键的还原和释放的硫代吡啶酮的分光光度法评估结果(最大吸光度波长为343 nm)来大致测定修饰的程度。

1

于280 nm (A280) 和343 nm (A1343) 波长处测定修饰蛋白质的吸光度;

2

在1 ml蛋白溶液中加入50 μl 100 mM的DTE水溶液。混合并于室温反应数分钟;

3

再次测定343 nm波长处的吸光度 (A2343) 。按照下式计算修饰的程度:

图6:计算修饰配体程度的公式

实验第三步,就可以偶联配体了,推荐的实验程序如下:

1

实验条件:流速5-10 ul/min;

2

芯片活化:进样1:1混合的EDC/NHS溶液2 min;

3

引入二硫化物基团:注入胱胺3 min;

4

二硫化物还原:注入DTE 3 min;

5

配体固定:进样配体6~7 min;

6

芯片封闭:注入PDEA-NaCl 4 min,封闭芯片表面。

Tips:进行配体/芯片表面巯基偶联时,运行缓冲液绝不能添加还原剂(如TCEP),因为还原剂会在偶联前还原PDEA,这样偶联化学反应就无法进行。

图7:利用表面芯片巯基偶联固定配体的典型传感器图

马来酰亚胺偶联

在巯基-二硫化物交换反应中,偶联的共价键在还原剂存在或高pH值条件下不稳定,因此,利用该反应进行的配体固定不适用于传感芯片表面暴露于还原剂或高pH值环境的实验。利用配体上的巯基进行共价固定的另一种方法为马来酰亚胺试剂所介导的偶联,这个反应可在配体和葡聚糖基质之间形成硫醚键。CM3、CM4、CM5、CM7、C1芯片均可实现巯基偶联。

用氨基偶联化学反应将乙二胺偶联于传感芯片表面,形成具有氨基基团的表面。硫代-GMBS与氨基反应形成具有马来酰亚胺基团的表面,从而可用来固定含有巯基的配体分子(图4-16)。需要注意的是,氨基表面并不稳定,应在制备之后直接用硫代-GMBS失活。

图8:通过马来酰亚胺偶联固定配体的化学原理

 马来酰亚胺偶联程序

1

配体富集:确定最佳的预富集条件,以富集足够的蛋白到芯片表面;

2

实验条件:流速5-10 ul/min;

3

芯片活化:进样1:1混合的EDC/NHS溶液6~7 min; 

4

引入氨基基团:注入乙二胺溶液6~7 min;

5

引入马来酰亚胺:注入硫代-GMBS 4 min;

6

配体固定:进样配体6~7 min;

7

芯片封闭:半胱氨酸-NaCl 4 min。

如果芯片马来亚酰胺偶联顺利完成,典型的偶联图如下:

图9:利用马来酰亚胺偶联固定配体的典型传感器图

醛基偶联

醛基偶联方法为固定糖蛋白和其他复合糖提供了一种方法。唾液酸残基极易被高碘酸钠氧化生成醛基,因此该方法尤其适用于含唾液酸的配体。含醛基的配体(天然的或由顺二醇氧化而引入)可在传感芯片表面被酰肼或碳酰肼活化之后被固定。CM3、CM4、CM5、CM7、C1芯片均可实现醛基偶联,其化学原理如下图所示。

图10:通过醛基偶联固定配体的化学原理

在固定之前,可使用高碘酸钠氧化法在含顺二醇的配体分子中引入醛基。这一步称之为氧化配体,推荐的程序如下:

1

在100 mM醋酸钠缓冲 (pH5.5) 中制备被氧化配体的1 mg/ml的冷溶液;

2

加入1/50体积的高碘酸钠溶液(高碘酸盐终浓度为1 mM),于冰上孵育20分钟;

3

在脱盐柱上用10 mM醋酸钠缓冲 (pH4.0) 对混合液脱盐以终止反应。

氧化好的配体可按照推荐的程序进行偶联;

1

配体富集:确定最佳的预富集条件,以富集足够的蛋白到芯片表面;

2

实验条件:流速5-10 ul/min;

3

芯片活化:进样1:1混合的EDC/NHS溶液3 min;

4

引入酰肼基团:注入碳酰肼水溶液6~7 min;

5

失活过剩的反应性基团:注入乙醇胺 6~7 min;

6

配体固定:进样配体6~7 min;

7

稳定结合:氰基硼氢酸盐20 min,流速建议使用2 ul/min。

如果醛基偶联顺利,你将会看到以下典型的传感图:

图11:利用马来酰亚胺偶联固定配体的典型传感器图

小 结

看了以上这么多的共价偶联方式,想必各位老师已经跃跃欲试想要尝试一下了。基于非标记技术的Biacore分子互作检测,根据各位老师的样品情况,可以有多种方法固定配体,不仅有氨基偶联,还有巯基偶联、马来酰亚胺偶联,醛基偶联这类进阶玩法,如果您的样品比较与众不同,不妨试一试各类偶联方式,在Biacore上创建您的新偶联方法吧!