Biacore 2025年度回顾:从分子到世界,见证创新力量
Biacore 2025年度回顾:从分子到世界,见证创新力量
让我们一起回顾这一年Biacore的高光时刻,感受科学的温度,洞察未来的方向。
一卓越贡献 | 探索前沿,点亮科学星河
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治疗性蛋白靶点大环肽配体的开发通常依赖于大规模筛选方法,这些方法资源消耗大且难以控制结合模式。尽管基于物理的肽设计方法和深度学习的蛋白质设计技术已取得显著进展,但目前仍缺乏可靠的蛋白质结合大环肽从头设计方法。
继去年开发了一种能从头设计生成全新蛋白质的人工智能算法:RFdiffusion后,诺奖得主David Baker实验室在Nature Chemical Biology上发布的RFpeptides——一种基于去噪扩散模型的流程【1】,可用于针对目标蛋白质设计大环肽配体。在四种不同蛋白靶点上分别测试了10-20个设计的大环肽,成功获得了所有选定靶标的中等至高亲和力配体。
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RFpeptides用来设计结合靶蛋白的环肽骨架;ProteinMPNN或LigandMPNN生成序列;RoseTTAFold2(RF2)、AfCycDesign(AFC)预测环肽-靶蛋白复合物结构,打分进行虚拟筛选(图1)。
以MCL1为靶蛋白,设计出9965个骨架,每个骨架4个序列,虚拟筛选后合成了27个大环肽。通过SPR筛选,验证大环肽和MCL1的互作,得到D2、D26。最终测定大环肽D2和MCL1亲和力为2 μM。
大环肽与MCL1、GABARAP和RbtA复合物的X射线晶体结构显示,其与计算设计模型高度吻合。与文库筛选方法中结合模式确定常成为主要瓶颈相比,RFpeptides生成的大环化合物结合模式可通过设计预知,这将极大促进下游优化进程。因此,RFpeptides为诊断治疗用大环肽的快速定制化设计提供了强大框架。
2025年6月10日,北大-清华生命科学联合中心/北京大学生物医学前沿创新中心/昌平实验室曹云龙团队联合中国科学院生物物理研究所王祥喜团队、美国Moderna公司Laura M. Walker团队在Nature Microbiology上发表论文【2】,提出了针对流行的高频突变病毒,通过预测病毒进化热点,快速准确筛选出广谱中和抗体的策略。发现了来自原始株康复者的广谱中和抗体BD55-1205,该抗体不但能中和所有现存的SARS-CoV-2突变株,与相同表位的其他抗体相比还对表位上的逃逸突变具有很强的抵抗能力,具有开发为新一代SARS-CoV-2广谱中和抗体药物的潜力。
Biacore 8K(SPR)实验(ProA-mAb-RBD)表明BD55-1205 IgG对RBD各种突变显示出高亲和力,范围为1 pM至18 nM,符合其对表位突变的兼容性(图6)。
2025年6月,中国科学院微生物研究所吴边研究员团队联合高福院士团队在National Science Review杂志在线发表研究成果【3】。该研究从蛋白质折叠与互作在分子层面的一致性出发,利用多任务学习和自蒸馏策略,开发了基于结构的图神经网络模型Pythia-PPI,实现了对单点突变引起的结合自由能变化(ΔΔG)的可靠预测。相较于传统物理能量函数,Pythia-PPI在预测精度、计算效率及使用便捷性方面均展现出显著优势,为蛋白质相互作用突变效应的定量预测与蛋白理性设计提供了有效工具。
为验证Pythia-PPI的应用价值,研究团队以靶向SARS-CoV-2 PT RBD的CB6抗体为研究对象,从模型预测结果中筛选出前10个可能增强亲和力的单点突变,并通过Biacore 8K(SPR)实验进行验证(ProA-CB6-RBD)。结果显示(图7),V63Y、S35A等突变体表现出稳定的亲和力提升,其中S31R突变体与RBD的结合能力提升超过两倍,充分验证了模型在突变筛选与实验指导中的可靠性与实用性。
本期,我们来关注“大象无形”的基础科研部分,包括人类进化、遗传机制、病毒、植物免疫、结构生物学等领域。
✦ 进化篇 ✦
文章使用Biacore检测HLA分子与不同基因序列的识别、结合情况,为理解不同人群对疾病易感性的差异提供了新的见解。
图1:Biacore检测不同基因序列与对应HLA分子之间的相互作用
2月,基因技术公司系等单位,在Cell上发表的研究成果中,发现了一种名为RetroMyelin的逆转录病毒RNA元件,它在所有有颌的脊椎动物中控制着髓鞘的形成,从而对脊椎动物进化产生了重要影响2。
RetroMyelin通过与转录因子SOX10相结合(使用Biacore完成了该实验),调节髓鞘主要成分Mbp的表达,进而影响髓鞘的形成。
研究还发现,RetroMyelin的获得很可能是在物种分化后独立发生的,这表明逆转录病毒的整合与脊椎动物髓鞘的形成存在密切关联。
图2:Biacore检测RetroMyelin原件与转录因子SOX10的互作结果
8月,剑桥大学在Science上发表的研究论文,证明在ER应激期间,线粒体蛋白ATAD3A与PERK结合,并竞争性抑制PERK对eIF2a的磷酸化,从而减弱PERK信号通路并保护线粒体翻译,进而缓解ER应激引起的翻译抑制对线粒体的影响,揭示了ER应激期间翻译效率的细胞器特异性差异3。
文中使用Biacore检测ATAD3A与PERK近端环区域的结合。
图3:Biacore检测ATAD3A与PERK的相互作用
5月,英国伦敦大学学院等单位在Science上发表的研究论文,揭示了Cachd1蛋白在调控斑马鱼脑部神经元不对称性中的重要作用4。
研究中用Biacore测定了小鼠CACHD1ECD与FZD受体和LRP6共受体的结合亲和力,结果表明CACHD1可以与Wnt信号通路的两个关键受体FZD和LRP6结合,并可能通过竞争性结合的方式影响Wnt信号通路的活动。
图4:Biacore测定CACHD1与FZD和LRP6受体的结合
5月,中国科学院分子植物科学卓越创新中心在Nature上发表的论文中报导了水稻中的U-box泛素E3连接酶OsCIE1作为刹车分子抑制OsCERK15。在无病原菌侵染的时期,OsCIE1泛素化OsCERK1,降低其激酶活性。
当水稻面临病原真菌入侵时,真菌细胞壁上的长链几丁质迅速诱导OsCERK1的激酶活性,激活的OsCERK1磷酸化OsCIE1并阻断其E3连接酶活性,从而释放刹车并促进免疫反应。
文章使用Biacore检测OsCIE1 U-box域与OsUBC8之间的结合亲和力,结果表明,Asp的Ser237磷酸化模拟突变显著降低了 U-box 与 OsUBC8 之间的亲和力。
图5:OsUBC8与野生型和S237D突变体U-Box的结合能力变化
✦ 细菌-噬菌体反免疫机制 ✦
文章使用Biacore检测HgmTad2与环状二核苷酸的结合,结果显示cGG与HgmTad2的结合KD值高达24.2 pM,这解释了为什么HgmTad2在大肠杆菌中表达时能够稳定结合内源性的cGG。
图6:不同CDN分子与HgmTad2亲和力结合对比
9月,上海科技大学/清华大学/南开大学/中国科学院以及中国食品药品检定研究院等单位在Science上发表了题为“Inherent symmetry and flexibility in hepatitis B virus subviral particles”的研究论文,研究了乙型肝炎病毒表面抗原(HBsAg)的结构和组装机制,表征了乙肝表面蛋白及其自组装体表现出的高度结构柔性,揭示了其在病毒粒子表面形成多样寡聚形态的分子基础7。
文中使用Biacore检测了抗体与HBsAg的结合(图7)。
图7:SPR检测三种抗体与HBsAg的结合
▶ 新冠变体JN.1的免疫逃逸
11月北京大学研究团队在Nature在线发表的研究成果中,报道了JN.1谱系中的KP.3具有强大的免疫逃逸能力和受体结合能力8。
源自IGHV3-53/3-66的1类中和抗体(NAbs)对JN.1的野生型反应性具有重要贡献。然而,KP.2和KP.3能够逃逸这些抗体中的大部分,甚至包括由JN.1诱导的抗体,这些都表明了开发疫苗加强针的重要性。
文章采用Biacore及Protein A芯片检测不同病毒RBD及ACE2蛋白之间的亲和力,发现JN.1中的L455S突变减弱了BA.2.86 RBD的高亲和力,F456L和R346T + F456L对JN.1的hACE2结合亲和力影响不大,而KP.3的Q493E突变在JN.1 + F456L的基础上显著提高了受体结合亲和力。
图8:不同新冠病毒RBD与受体蛋白的亲和力强弱
12月,斯克里普斯研究所在Science上发表了的研究成果中,表明感染美国奶牛的H5N1“禽流感”病毒中的一个突变可能会增强这种病毒附着在人类细胞上的能力,并揭示了这种受体特异性改变的分子基础9。
文中使用Biacore测定了大量的病毒或其突变体H5 HA与禽类或人类受体的亲和力,以及受体与唾液糖苷的结合。
结果表明,Q226L突变可以完全改变H5 HA的受体结合特异性,使其从禽类受体转变为人类受体,一些其他突变体可以进一步增强H5 HA与人类受体的结合亲和力(图9)。
从“无用之问”的生命进化,到“上帝之手”的药物设计,CNS文章汇集了各个领域顶尖学者的智慧,见证着科技进步的一次次里程碑。
Biacore在此致敬每一份实验室长明的灯:此时的你我,或许正与某个改写时代的分子,共享同一秒的时空。
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Tislelizumab是一种针对PD-1的人源化免疫球蛋白G4(IgG4)变体单克隆抗体,可与人类PD-1的细胞外结构域结合。它竞争性地阻断PD-L1和PD-L2的结合,抑制PD-1介导的负信号传导,并在体外细胞试验中增强T细胞的功能活性。
2024年3月被FDA批准用于治疗既往接受过化疗的不可切除、复发、局部晚期或转移性食管鳞状细胞癌的成年患者。
其在整个研发过程中大量使用到了Biacore的检测数据。通过Biacore 8K系统(CM5芯片固定PD-1 Fc融合蛋白),研究团队对比了替雷利珠单抗与已上市抗体Pembrolizumab、Nivolumab的结合参数(图1)。
实验显示,替雷利珠单抗的KD较Pembrolizumab和Nivolumab低1-2个数量级。
其核心机制在于极低的解离速率,较Pembrolizumab减缓80倍,结合半衰期延长30倍以上。这一特性预示了其在体内更持久的靶点占据能力。
通过PD-1/替雷利珠单抗Fab复合物的晶体结构解析,研究团队发现抗体通过重链CDR3(HCDR3)与轻链CDR1/2(LCDR1/2)形成广泛的结合界面,其中PD-1的CC’环成为关键结合区域。
为验证这一发现,团队利用丙氨酸扫描突变结合Biacore分析,发现CC’环突变体(如Q75A、T76A、D77A)导致替雷利珠单抗的KD值显著上升(图2)。
图2:CC’环突变体亲和力数据
Biacore数据与结构分析的整合表明,替雷利珠单抗的结合表位与PD-L1的重叠面积达80%,而Pembrolizumab和Nivolumab的重叠面积仅为66%和44%。
这一差异在细胞水平的P3Z实验中得到验证:替雷利珠单抗在3 μg/mL浓度下可完全阻断PD-L1信号(IL-2分泌抑制>99%),而Pembrolizumab和Nivolumab仅能达到80%和81%的阻断率。
其机制源于替雷利珠单抗的轻链(VL)直接占据PD-L1的结合位点,形成空间位阻效应。结合结构生物学与功能实验,该研究为抗体药物的理性设计提供了范本。
在该药的研发与申报中,SPR实验显示,Marstacimab对人类TFPI K2结构域的解离常数(Kd)为2.63 ± 0.08 nM,对K1K2复合结构域的Kd为7.9 ± 0.33 nM,但不与TFPI的K1域结合。
此外,Marstacimab对不同物种的TFPI K1K2域均表现出相似的抑制作用,具体数值如下:
图3:Marstacimab对不同物种的TFPI K1K2域的亲和力数据
此外,辉瑞研发人员还进行了Marstacimab与Concizumab(另一种抗TFPI单克隆抗体 )的对比研究,见下表。
基于结合亲和力,研发人员预测Marstacimab的临床有效剂量在100至300毫克之间。Marstacimab虽亲和力略低,但其平缓的药效动力学特性可能降低剂量依赖性毒性风险。
图4:Marstacimab与Concizumab对人K1K2及小鼠K1K2的亲和力
其每周一次的皮下注射方案、明确的疗效数据(III期研究ABR降低>65%)及Fc沉默化设计,标志着血友病治疗从“替代缺陷”到“调控内源”的范式转变。
2019年FDA授予的快速通道资格(FTD)进一步凸显其临床价值,未来有望成为全球血友病标准治疗的重要组成。
传统治疗方法主要依赖于糖皮质激素和免疫抑制剂,但长期使用这些药物可能引发皮肤萎缩及全身性副作用。尽管新型生物制剂(如IL-4/IL-13抑制剂Dupixent)在治疗中表现出一定疗效,但仍有部分患者对其应答不足。
礼来公司开发的Ebglyss(Lebrikizumab)作为一种高选择性的IL-13单克隆抗体,为患者提供了更为精准的靶向治疗选择。
Lebrikizumab是一种人源化IgG4单克隆抗体,通过特异性结合游离的IL-13蛋白,阻断其与IL-13受体(IL-13Rα1/IL-4Rα复合物)的相互作用,从而抑制下游JAK-STAT信号通路的激活,减少炎症细胞的浸润和瘙痒信号的传递,同时部分恢复皮肤屏障功能。
2023年,礼来公司的研究人员发表了一项研究,该研究利用Biacore T200技术对Lebrikizumab、Cendakimab和Tralokinumab三种单克隆抗体与糖基化及非糖基化IL-13的结合能力进行了测试。
研究结果显示,这三种单克隆抗体均能够与糖基化和非糖基化的IL-13结合。尽管它们的结合速率相近,但Lebrikizumab对糖基化和非糖基化人IL-13的解离速率最慢,因此其整体亲和力显著高于Cendakimab和Tralokinumab。
图5:Lebrikizumab、Cendakimab和Tralokinumab对糖基化和非糖基化IL-13的结合能力
此外,研究人员又进一步利用Biacore来评估抗体是否结合在IL-13的相同表位。当IL-13预先结合Cendakimab或Tralokinumab时,Lebrikizumab仍能结合IL-13;而Cendakimab和Tralokinumab无法结合已与自身或其他抗体结合的IL-13。
这一结果表明:Tralokinumab与Cendakimab结合IL-13的重叠表位;Lebrikizumab结合IL-13的不同表位,且其表位空间不与其他两种抗体冲突。
综上所述,Lebrikizumab凭借其高亲和力和独特的表位结合特性,在IL-13抑制剂中展现出核心优势。这些发现对于理解不同IL-13单克隆抗体在AD治疗中的潜在差异具有重要意义,并可能为个体化治疗提供新的见解。
Donanemab是一种人源化(IgG1)单克隆抗体,可以减少淀粉样β斑块,用于治疗针对患有轻度认知障碍或轻度痴呆症的患者。
在Kisunla的申报材料中, Biacore被用于药靶的亲和力检测,以及结合表位的鉴定。
首先利用Biacore测定了Donanemab与人源AβN3pE-42肽结合的亲和力(KD)最高达到了0.82±0.05 nM;与非焦谷氨酸人Aβe3-16 (KD = 420 nM)相比,对c端截断形式Aβ N3pE-16的亲和力仍然相对较高(KD = 3±2 nM)。未检测到与人源Aβ1-40或小鼠AβN3pE-16的结合。
同时,结合了Biacore的实验结果鉴定得到Donanemab与人源AβN3pE-16结合的表位定位在n端(AβN3pE-7)的5个氨基酸上。
图6:Donanemab申报材料
回顾点击:新型双特异性抗体Zanidatamab结构设计及活性验证思路
Biacore用于定量分析双特异性抗体zanidatamab及其前体与HER2胞外域(ECD)的结合动力学参数。
通过单循环动力学实验(single-cycle kinetics),作者验证了zanidatamab对HER2的亚纳摩尔级高亲和力,并比较了其与亲本抗体的差异(如抗ECD2 Fab经工程优化后亲和力提升8.8倍)。
作者进一步运用Biacore进行了结合模式验证,通过调节芯片表面抗体捕获密度,Biacore实验揭示了zanidatamab的反式结合特性:
在高密度条件下,抗体通过同时结合两个HER2分子(分别靶向ECD2和ECD4)形成交联复合物,导致kd显著降低(密度依赖性)。
而对照抗体trastuzumab(仅靶向ECD4)的kd无密度依赖性,证实其为顺式结合。这一结果为后续观察的HER2簇状聚集和补体依赖的细胞毒性(CDC)提供了机制基础。
随后在抗体工程过程中,Biacore被用于筛选亲和力优化的抗ECD2 Fab突变体。
通过对比野生型与突变体的结合参数(KD从15 nM提升至1.7 nM),作者确认了结构导向的亲和力提升策略的有效性,确保双特异性抗体能够高效交联HER2受体。
结合分析型超速离心(AUC)和冷冻电镜(cryo-EM)数据,Biacore结果进一步支持了zanidatamab诱导的HER2多聚体形成,为其独特的生物学功能(如CDC)提供了分子层面的解释。
在这些药物成功申报的背后,Biacore始终无声护航。
目前,Biacore基于表面等离子共振技术已经被中国、美国和日本药典收录。2024年也荣幸地被国家药品监督管理局组织制定的《抗体偶联药物药学研究与评价技术指导原则》列为推荐的结合活性检测方法。
Biacore技术符合GxP和21 CFR Part 11法规的要求,其准确稳定的数据质量已经得到了药企和监管机构的广泛应用和认可,能够为企业加快抗体药物上市保驾护航。
据不完全统计,超过80%的抗体药物在其早期研发及申报过程中都会用到Biacore,通过动力学参数为药物优化提供“黄金标尺”。从双抗的精准协同到单抗的靶向锁定,从亲和力微调到脱靶风险预测,Biacore以数据为语言,书写着抗体药物从实验室到病床的“通关密码”。
Cell、Nature、Science——这三大世界级顶刊通常被合称为“CNS”,百余年来始终是全球科研界公认的“金字塔尖”,承载着改写人类认知的突破性发现。CNS顶刊论文集聚创新性,重要性,严谨性和广泛影响力,往往凝聚着研究团队的数年心血。
在生物研究领域,分子互作技术是一项重要技术手段,而作为分子互作“金标准”,Biacore凭借其严谨的实验设计,稳定的数据产出,可靠的数据质量,多年来一直是顶刊文章中选择最多的分子互作技术品牌。
2024年,再生元制药公司,维瑞生物技术公司,华盛顿大学,Humabs生物医学公司,牛津大学,寻百会生物等单位在Nature或Cell正刊发表了4篇抗体药物开发的成果1-4。
其中再生元制药于9月在Nature发表的文章中,报告了一项针对超过70万人的遗传分析,发现NPR1基因编码变体的终生暴露与血压变化和心力衰竭风险相关,并开发了靶向膜结合鸟苷酸环化酶受体NPR1的研究性单克隆激动剂抗体REGN53811。
文章除了使用Biacore检测抗体与靶点的结合动力学外,同样使用Biacore检测了抗体对NPR1蛋白-ANP结合的影响:
图1:使用Biacore检测REGN5381:NPR1:ANP三元复合物的结合
6月,复旦大学/重庆医科大学/中国药科大学等单位在Science上联合发表了靶向lon肽酶1(LONP1)的药物开发成果,发现青蒿素类衍生物可以通过LONP1并增强LONP1与CYP11A1的相互作用,显著改善多囊卵巢综合征(PCOS)的疾病表型5。
研究人员用Biacore验证了三种青蒿素衍生物ATM,SM934和ATS与LOPN1催化活性域的结合。
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无独有偶,12月,斯坦福大学医学院等单位在Cell发表的研究成果,发现青蒿素ART具有潜在的抗纤维化作用6。
研究团队开发了一个整合人类诱导性多能干细胞 (iPSC)、3D工程化心脏组织和动物模型的药物筛选平台,利用iPSC衍生的心脏成纤维细胞(CF)进行高通量筛选,最终,青蒿素ART被确定为具有潜力的抗纤维化药物。
文中使用Biacore并借助捕获法的形式,对筛选得到的药物与靶点蛋白MD2之间的结合特征进行了检测分析。
图2:Biacore检测高通量筛选得到ART与靶点蛋白MD2的亲和力表征结果
10月,洛克菲勒大学在Nature在线发表的研究成果中,针对SARS-CoV-2的NSP14 RNA帽甲基转移酶(MTase)开发了一种新型非共价小分子抑制剂TDI-015051,其亲和力(KD) 达到 61 pM,对 SARS-CoV-2 NSP14 MTase 具有强大的抑制作用,并显示出良好的体内活性7。
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7月,诺华生物医学研究中心在Science上发表了镰状细胞贫血症 (SCD)的药物开发成果。文中报道了dWIZ-1和dWIZ-2两种新型小分子化合物,它们能够有效诱导胎儿血红蛋白(HbF)的表达,从而治疗镰状细胞贫血症(SCD)9。
研究人员在SA chip上验证了分子胶四元复合物的形成:
图4:使用Biacore检测四元复合物的形成
文中使用Biacore X100,检测了GLP-1–MK-801与人血清白蛋白HSA的结合,来评估药物的代谢动力学。
图6:使用Biacore检测多肽药物与HSA的结合
12月,David Baker团队在Science上发表了靶向肿瘤坏死因子受体超家族(TNFRSF)的小蛋白药物设计,文中用Biacore特有的单循环动力学检测了大量的药靶的结合数据12。
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